Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10403905	C-T	HET
SBS	Chr1	13977678	C-G	HET
SBS	Chr1	25143456	G-C	HET
SBS	Chr1	26431666	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g46470
SBS	Chr1	26431667	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g46470
SBS	Chr1	5109514	C-T	HET
SBS	Chr10	1419596	G-A	HET
SBS	Chr10	23151971	T-C	HET
SBS	Chr10	9840755	G-T	HET
SBS	Chr11	11568447	C-T	Homo
SBS	Chr11	26803100	A-G	HET
SBS	Chr11	6299847	T-C	HET
SBS	Chr12	22436818	A-C	HET
SBS	Chr2	16390505	A-G	Homo
SBS	Chr2	16390516	A-T	Homo
SBS	Chr2	16406979	T-G	Homo
SBS	Chr2	22231375	C-G	HET
SBS	Chr2	284639	G-A	HET
SBS	Chr3	14550544	C-T	HET
SBS	Chr3	24301907	G-A	Homo
SBS	Chr3	26393040	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g46630
SBS	Chr3	32289041	G-A	HET
SBS	Chr3	5986262	T-C	HET
SBS	Chr3	6319460	A-G	HET
SBS	Chr4	22994029	A-T	HET
SBS	Chr5	10476717	A-G	HET
SBS	Chr5	27292	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g01006
SBS	Chr5	3968803	T-A	HET
SBS	Chr6	12559549	T-G	HET
SBS	Chr6	14611002	C-T	Homo
SBS	Chr6	16571764	G-A	Homo
SBS	Chr6	20292233	G-T	HET
SBS	Chr6	26640686	G-A	Homo
SBS	Chr6	6011303	T-A	HET
SBS	Chr7	13901624	G-A	HET
SBS	Chr7	2610565	T-A	HET
SBS	Chr7	28543043	C-T	HET
SBS	Chr7	29436385	G-A	Homo
SBS	Chr7	9966898	A-G	HET
SBS	Chr8	25462514	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40250
SBS	Chr8	25462522	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40250
SBS	Chr8	26322774	C-T	Homo
SBS	Chr8	27951306	C-T	HET
SBS	Chr9	3430915	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07070
SBS	Chr9	8968184	A-G	HET
SBS	Chr9	9190287	A-T	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	622480	622483	3
Deletion	Chr7	1155491	1155516	25
Deletion	Chr7	2368001	2398000	29999	5
Deletion	Chr3	9372691	9372693	2	LOC_Os03g16860
Deletion	Chr5	9419001	9444000	24999	3
Deletion	Chr2	11718076	11718080	4
Deletion	Chr4	12296123	12296124	1
Deletion	Chr10	14183982	14183991	9
Deletion	Chr12	14785741	14785742	1	LOC_Os12g25550
Deletion	Chr5	20516001	20559000	42999	7
Deletion	Chr11	24815123	24815130	7
Deletion	Chr11	27234237	27234242	5	LOC_Os11g44970
Deletion	Chr3	31951001	31978000	26999	5

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	31556961	31556962	2
Insertion	Chr11	26996498	26996498	1
Insertion	Chr3	9949890	9949893	4
Insertion	Chr4	13936774	13936774	1
Insertion	Chr7	14816421	14816421	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	15423359	15983466
Inversion	Chr12	21632395	22498024	LOC_Os12g36730
Inversion	Chr12	24761760	25698115	LOC_Os12g40050
Inversion	Chr7	26937643	27714959	LOC_Os07g46450
Inversion	Chr7	26937661	27714971	LOC_Os07g46450

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	2067459	Chr1	41675456	LOC_Os03g04450
Translocation	Chr3	2067464	Chr1	41666867	2
Translocation	Chr5	9426636	Chr1	12928529
Translocation	Chr12	12903101	Chr4	14567754
Translocation	Chr10	15201728	Chr7	26704507	2
Translocation	Chr12	21687983	Chr4	16293235
Translocation	Chr12	23667478	Chr1	14627797	LOC_Os01g25820
Translocation	Chr2	25341931	Chr1	397476	LOC_Os02g42134

Main menu