Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	34114152	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g59009
SBS	Chr1	3730190	C-T	HET
SBS	Chr1	38163154	G-A	Homo
SBS	Chr1	4099654	G-A	HET
SBS	Chr10	2421564	G-A	HET
SBS	Chr10	8617805	C-T	HET
SBS	Chr11	15485951	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26930
SBS	Chr11	7578561	C-A	HET
SBS	Chr11	9956582	T-A	HET
SBS	Chr11	9956583	T-A	HET
SBS	Chr12	16486103	A-T	HET
SBS	Chr12	24783555	G-A	HET
SBS	Chr12	5730047	A-T	Homo
SBS	Chr12	8771249	T-C	Homo
SBS	Chr2	12188643	T-A	HET
SBS	Chr2	24239581	G-A	HET
SBS	Chr2	30188885	A-G	HET
SBS	Chr2	30236095	A-C	HET
SBS	Chr2	31113455	C-T	HET
SBS	Chr2	32201101	A-G	HET
SBS	Chr2	5035683	C-G	HET
SBS	Chr2	9214048	G-A	HET
SBS	Chr3	10401417	C-A	HET
SBS	Chr3	12472619	G-C	HET
SBS	Chr3	20317530	C-A	Homo
SBS	Chr3	20317531	T-C	Homo
SBS	Chr3	24462067	C-T	Homo
SBS	Chr3	25503142	A-G	Homo
SBS	Chr3	26836684	C-T	HET
SBS	Chr3	2934516	C-A	HET
SBS	Chr3	4022225	G-T	HET
SBS	Chr3	4022229	T-A	HET
SBS	Chr4	15423995	G-A	HET
SBS	Chr4	15423997	G-A	HET
SBS	Chr4	197170	A-T	HET
SBS	Chr4	197173	A-G	HET
SBS	Chr4	8062226	A-G	HET
SBS	Chr5	15370221	C-T	HET
SBS	Chr6	11995896	A-T	Homo
SBS	Chr6	27570998	C-T	HET
SBS	Chr6	835149	G-A	HET
SBS	Chr7	13118716	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23270
SBS	Chr7	13360927	C-T	Homo
SBS	Chr7	19224789	T-C	HET
SBS	Chr7	20253924	C-G	Homo
SBS	Chr8	10759902	G-A	HET
SBS	Chr8	3200510	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05930
SBS	Chr8	6451475	G-A	HET
SBS	Chr9	16927529	T-C	HET
SBS	Chr9	17271970	G-C	HET
SBS	Chr9	20652700	G-A	HET
SBS	Chr9	5208839	C-T	HET

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	1157049	1157056	7	LOC_Os12g03070
Deletion	Chr8	1684837	1684838	1
Deletion	Chr10	3649972	3649978	6
Deletion	Chr12	3753119	3753120	1
Deletion	Chr8	4945818	4945833	15
Deletion	Chr3	6783277	6783290	13
Deletion	Chr8	7550678	7550687	9	LOC_Os08g12740
Deletion	Chr12	8867300	8867301	1
Deletion	Chr5	9012651	9012656	5	LOC_Os05g15960
Deletion	Chr4	9295803	9295819	16
Deletion	Chr12	11208193	11208194	1
Deletion	Chr3	11713600	11713609	9	LOC_Os03g20700
Deletion	Chr2	13116534	13116535	1
Deletion	Chr4	18283548	18283549	1
Deletion	Chr3	20693537	20693549	12
Deletion	Chr2	21524992	21524994	2
Deletion	Chr3	23321236	23321240	4	LOC_Os03g41970
Deletion	Chr12	23878319	23878328	9
Deletion	Chr8	24311132	24311133	1
Deletion	Chr5	25521244	25521255	11
Deletion	Chr12	26045444	26045449	5
Deletion	Chr12	26618097	26618098	1
Deletion	Chr6	28442383	28442387	4
Deletion	Chr5	28849867	28849869	2
Deletion	Chr2	29765541	29765547	6	LOC_Os02g48620
Deletion	Chr1	30301099	30301109	10
Deletion	Chr1	34647811	34647815	4	LOC_Os01g59920

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	13408578	13408623	46
Insertion	Chr10	2694374	2694535	162	2
Insertion	Chr10	2694374	2694457	84	2
Insertion	Chr3	26960155	26960156	2
Insertion	Chr3	30631040	30631041	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr1	16330508	16330754
Inversion	Chr6	27554382	27592518
Inversion	Chr6	27554389	27592522

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	4253378	Chr3	961083	LOC_Os03g02600
Translocation	Chr10	4253569	Chr3	961092	LOC_Os03g02600
Translocation	Chr9	22509951	Chr2	16553864	LOC_Os09g39190
Translocation	Chr9	22509954	Chr2	16552341	2
Translocation	Chr5	25574137	Chr4	24171125

Main menu