Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18455408	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27621839	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27923323	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	27923327	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	32091044	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	3484864	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	42966311	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	21693956	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	6155362	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8605251	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	9638462	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15984541	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	27141597	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12443694	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16794221	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14920701	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	3625887	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g07070
SBS	Chr2	537357	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	6870888	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30014465	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30850366	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	9494130	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	9787118	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	9787119	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	34730367	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g58350
SBS	Chr4	5274695	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16468477	G-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr5	27209734	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	13137316	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	22246654	G-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os06g37560
SBS	Chr6	28171712	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	11143768	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17147624	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	3637930	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	11342069	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	12231840	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	1771439	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	25244716	T-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	7316041	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	12334863	C-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	235001	414000	179000	23
Deletion	Chr6	669543	669548	5
Deletion	Chr12	3325833	3325834	1	LOC_Os12g06850
Deletion	Chr8	7316044	7316052	8
Deletion	Chr11	7421020	7421022	2
Deletion	Chr5	7871444	7871453	9	LOC_Os05g14090
Deletion	Chr12	8302857	8302860	3
Deletion	Chr2	9771249	9771250	1
Deletion	Chr4	11466965	11467001	36
Deletion	Chr4	13040660	13040661	1
Deletion	Chr3	14496838	14496849	11
Deletion	Chr2	14992340	14992341	1	LOC_Os02g25640
Deletion	Chr11	15526571	15526583	12
Deletion	Chr11	19431565	19431566	1
Deletion	Chr1	24249288	24250500	1212	2
Deletion	Chr11	26483199	26483249	50
Deletion	Chr1	27918522	27918523	1
Deletion	Chr6	28362244	28362245	1
Deletion	Chr2	31723151	31723152	1
Deletion	Chr4	34223729	34223738	9

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	23566382	23566385	4
Insertion	Chr12	25804867	25804870	4
Insertion	Chr2	24179472	24179473	2
Insertion	Chr2	33528934	33528935	2
Insertion	Chr2	4952554	4952555	2
Insertion	Chr7	3763104	3763104	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	12775849	13214338	LOC_Os12g22610
Inversion	Chr12	12776135	13214355	LOC_Os12g22610

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	288999	Chr8	20141139
Translocation	Chr10	9549409	Chr4	6149050	LOC_Os04g11250
Translocation	Chr12	18786243	Chr4	6148443	LOC_Os12g31200
Translocation	Chr12	18786246	Chr10	9547461	LOC_Os12g31200
Translocation	Chr12	24854291	Chr4	13170888

Main menu