Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	29950695	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr10	21111695	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	22754694	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	4042356	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8309120	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8428293	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	14800675	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	24646165	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g41130
SBS	Chr12	10738249	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12181699	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	12181700	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	19741952	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	23066089	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr12	2880586	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	1012654	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30286283	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	35046979	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	4862115	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	6207090	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	19662869	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	36363193	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12435185	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	29288240	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	34891484	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	7193859	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	22213657	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28034888	G-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os05g48870
SBS	Chr5	581506	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	581517	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15557336	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	16663852	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15483473	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2458484	T-G	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr7	6656326	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7179562	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	7490280	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g13060
SBS	Chr8	2523257	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	28349749	T-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g45160
SBS	Chr9	18474927	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	422398	422412	14
Deletion	Chr7	1929949	1929950	1
Deletion	Chr12	2140001	2880000	740000	112
Deletion	Chr1	4630809	4630811	2
Deletion	Chr6	5040001	5138000	98000	20
Deletion	Chr7	6534053	6534057	4
Deletion	Chr5	9935870	9935871	1
Deletion	Chr12	10738243	10738244	1
Deletion	Chr12	15517904	15517906	2
Deletion	Chr11	17288686	17288690	4
Deletion	Chr12	24302505	24302507	2
Deletion	Chr8	25274049	25274051	2
Deletion	Chr6	25623787	25623789	2
Deletion	Chr8	27976059	27976061	2
Deletion	Chr3	34110305	34110333	28
Deletion	Chr2	34689541	34689543	2	LOC_Os02g56610

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	18973290	18973290	1
Insertion	Chr12	23521192	23521195	4	LOC_Os12g38320
Insertion	Chr2	29365387	29365389	3	LOC_Os02g47980
Insertion	Chr4	33224347	33224347	1
Insertion	Chr8	23961964	23961964	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	16899669	20420901

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	10482831	Chr4	3613588	LOC_Os04g06850
Translocation	Chr11	10814759	Chr8	22530032
Translocation	Chr12	23372667	Chr11	26968976	LOC_Os11g44600
Translocation	Chr6	27804585	Chr3	25799371

Main menu