Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	14550618	G-A	HOMO
SBS	Chr1	15288736	C-T	HET
SBS	Chr1	16182794	G-A	HET
SBS	Chr1	20577723	G-T	HET
SBS	Chr1	26599540	A-T	HET
SBS	Chr1	28410980	C-A	HET
SBS	Chr1	39298185	A-G	HET
SBS	Chr1	6801996	A-T	HET
SBS	Chr10	17006843	A-G	HET
SBS	Chr10	18406976	C-T	HET
SBS	Chr10	2052356	A-G	HET
SBS	Chr10	22722118	G-A	HET
SBS	Chr11	24088981	G-T	HET
SBS	Chr11	27093446	C-G	HET
SBS	Chr11	4500967	A-G	HET
SBS	Chr12	12807124	G-A	HET
SBS	Chr12	1368368	G-A	HET
SBS	Chr2	16021008	C-A	HET
SBS	Chr2	24828148	C-A	HOMO
SBS	Chr2	26304188	T-G	HOMO
SBS	Chr2	28111707	T-C	HET	LOC_Os02g46120
SBS	Chr2	30772964	C-T	HET
SBS	Chr2	31867051	C-T	HET
SBS	Chr3	16338783	C-A	HET
SBS	Chr3	19118088	T-C	HET
SBS	Chr3	31553527	A-T	HET
SBS	Chr3	33627403	C-T	HET
SBS	Chr4	13963212	C-T	HET
SBS	Chr4	13963213	G-T	HET
SBS	Chr4	17354708	G-T	HET	LOC_Os04g29270
SBS	Chr4	18770303	G-C	HET
SBS	Chr4	21371012	T-A	HET
SBS	Chr4	23624265	G-T	HOMO
SBS	Chr4	6554838	C-T	HET
SBS	Chr4	9087918	A-G	HET
SBS	Chr4	9235514	C-T	HET
SBS	Chr5	10896061	G-A	HET
SBS	Chr5	22467656	C-T	HOMO
SBS	Chr5	22804759	C-T	HOMO
SBS	Chr5	26243349	G-A	HOMO
SBS	Chr5	28054815	C-A	HOMO
SBS	Chr5	4993511	G-C	HET
SBS	Chr6	10202955	G-C	HET
SBS	Chr6	27412777	A-T	HOMO
SBS	Chr7	27397248	G-A	HET
SBS	Chr7	7518174	C-T	HET
SBS	Chr8	17308671	T-A	HET
SBS	Chr8	2884019	C-G	HOMO
SBS	Chr9	5786808	C-A	HOMO
SBS	Chr9	8286974	G-A	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	266672	266672	1
Deletion	Chr3	1760356	1760363	8
Deletion	Chr10	3913102	3913102	1
Deletion	Chr3	5427133	5427133	1
Deletion	Chr8	6927215	6927215	1
Deletion	Chr12	6988575	6988632	58
Deletion	Chr8	8293138	8293138	1
Deletion	Chr9	10646206	10646206	1
Deletion	Chr3	11282811	11282813	3
Deletion	Chr3	14121442	14121474	33
Deletion	Chr8	14141580	14141581	2
Deletion	Chr5	17269199	17269199	1
Deletion	Chr9	19460834	19460839	6
Deletion	Chr1	20010086	20010086	1
Deletion	Chr3	21733979	21733982	4	LOC_Os03g39129
Deletion	Chr5	23688282	23688282	1
Deletion	Chr7	26568766	26568774	9
Deletion	Chr4	27594280	27594280	1
Deletion	Chr6	28612777	28612785	9	LOC_Os06g47190
Deletion	Chr4	31709157	31709157	1
Deletion	Chr3	32274888	32274888	1
Deletion	Chr1	39306982	39306982	1

Insertions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	4643507	4643507	1
Insertion	Chr10	2282961	2283016	56
Insertion	Chr10	4613764	4613851	88
Insertion	Chr10	7159754	7159755	2	LOC_Os10g12808
Insertion	Chr11	12150626	12150664	39
Insertion	Chr11	27121476	27121481	6
Insertion	Chr11	7043395	7043395	1
Insertion	Chr12	15706385	15706385	1
Insertion	Chr12	3959845	3959846	2
Insertion	Chr3	22440390	22440390	1
Insertion	Chr4	24346009	24346009	1
Insertion	Chr4	9821243	9821243	1
Insertion	Chr5	16060493	16060496	4
Insertion	Chr5	17309793	17309793	1
Insertion	Chr5	19186118	19186193	76
Insertion	Chr7	15855197	15855229	33
Insertion	Chr7	24854156	24854157	2
Insertion	Chr8	22240991	22240991	1
Insertion	Chr9	8872206	8872206	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	2025368	2025595
Inversion	Chr10	13072589	13072742
Inversion	Chr4	20744721	20744941	LOC_Os04g34250
Inversion	Chr1	27298590	27298883

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr8	4115600	Chr3	15919658
Translocation	Chr8	10603103	Chr6	3965245
Translocation	Chr8	10603109	Chr6	3965601

Main menu