Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4522-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4522-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 66

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	20505642	C-A	HET
SBS	Chr1	22078583	C-A	HET
SBS	Chr1	26915073	A-G	HET
SBS	Chr1	29788411	G-T	HET
SBS	Chr1	35731286	C-T	HOMO
SBS	Chr10	12300840	C-T	HOMO
SBS	Chr10	16062726	A-T	HET
SBS	Chr10	18087356	C-T	HET	LOC_Os10g33960
SBS	Chr10	18641729	G-A	HOMO	LOC_Os10g34930
SBS	Chr10	18700050	C-A	HET	LOC_Os10g35040
SBS	Chr10	21516177	G-C	HET
SBS	Chr10	9493803	C-T	HET
SBS	Chr11	13233608	G-A	HET	LOC_Os11g23010
SBS	Chr11	21055368	C-T	HET
SBS	Chr11	25515968	C-T	HET
SBS	Chr11	25516005	A-T	HET
SBS	Chr12	12644223	C-A	HET
SBS	Chr12	13698515	C-A	HET	LOC_Os12g24080
SBS	Chr12	58493	G-T	HET
SBS	Chr2	19876440	G-T	HET
SBS	Chr2	24176236	G-A	HET
SBS	Chr2	25023842	C-T	HET
SBS	Chr2	30894087	A-G	HET
SBS	Chr2	4574308	C-A	HOMO
SBS	Chr2	4574309	T-A	HOMO
SBS	Chr2	65470	C-T	HET
SBS	Chr3	10124759	G-A	HET
SBS	Chr3	17648050	C-T	HOMO
SBS	Chr3	28008677	C-T	HET
SBS	Chr3	30869229	C-T	HET
SBS	Chr3	34533001	T-C	HET
SBS	Chr4	1700315	A-G	HET
SBS	Chr4	22498587	C-T	HET	LOC_Os04g37840
SBS	Chr4	3180251	G-A	HET
SBS	Chr4	5984193	G-C	HET
SBS	Chr5	10263828	C-T	HET
SBS	Chr5	15709518	C-T	HET	LOC_Os05g27010
SBS	Chr5	18878050	G-T	HET
SBS	Chr5	19616334	A-T	HET
SBS	Chr5	19616337	G-T	HET
SBS	Chr5	24601964	G-A	HET
SBS	Chr5	7029727	T-C	HET
SBS	Chr5	8936415	A-G	HET
SBS	Chr6	13451574	C-T	HOMO
SBS	Chr6	16509770	T-C	HET
SBS	Chr6	17677132	T-A	HET
SBS	Chr6	21359061	G-A	HOMO
SBS	Chr6	3656005	G-T	HET
SBS	Chr6	9806169	T-A	HET
SBS	Chr7	10534262	A-T	HOMO
SBS	Chr7	10534263	A-T	HOMO
SBS	Chr7	24005781	C-A	HOMO
SBS	Chr7	2936236	T-A	HOMO
SBS	Chr7	5639640	C-A	HOMO
SBS	Chr7	5990290	G-T	HET
SBS	Chr7	7930300	C-T	HOMO	LOC_Os07g13850
SBS	Chr7	7930301	G-A	HOMO
SBS	Chr8	11386885	A-T	HET
SBS	Chr8	23645612	T-G	HET
SBS	Chr8	25592103	C-T	HET	LOC_Os08g40440
SBS	Chr8	5312869	G-A	HET
SBS	Chr8	6950254	C-T	HOMO	LOC_Os08g11850
SBS	Chr9	22074791	G-A	HET
SBS	Chr9	3513362	G-A	HET
SBS	Chr9	492647	T-A	HET
SBS	Chr9	6464308	C-T	HET	LOC_Os09g11580

Deletions: 31

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1989766	1989766	1
Deletion	Chr9	2196119	2196119	1
Deletion	Chr8	2724643	2724643	1
Deletion	Chr1	3833331	3833338	8
Deletion	Chr2	4539529	4539529	1
Deletion	Chr4	6205591	6205591	1
Deletion	Chr1	6215879	6215879	1
Deletion	Chr11	6469102	6469103	2
Deletion	Chr3	6692915	6692915	1
Deletion	Chr4	7071480	7071480	1
Deletion	Chr10	7888226	7888226	1
Deletion	Chr7	7930353	7930353	1	LOC_Os07g13850
Deletion	Chr10	8140190	8140211	22
Deletion	Chr12	8515215	8515228	14
Deletion	Chr11	9846705	9846705	1
Deletion	Chr12	12302108	12302121	14
Deletion	Chr2	14822750	14822761	12
Deletion	Chr9	15454288	15454300	13
Deletion	Chr5	16935363	16935366	4
Deletion	Chr1	16941512	16941521	10
Deletion	Chr5	17536534	17536534	1
Deletion	Chr12	18143944	18143946	3
Deletion	Chr7	21199611	21199611	1
Deletion	Chr1	21568325	21568326	2
Deletion	Chr1	21800927	21800931	5
Deletion	Chr2	22487980	22488021	42
Deletion	Chr5	22850177	22850177	1
Deletion	Chr6	26490497	26490516	20	LOC_Os06g43980
Deletion	Chr6	30409545	30409549	5
Deletion	Chr1	36337403	36337403	1
Deletion	Chr1	42765131	42765148	18

Insertions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	36434601	36434629	29
Insertion	Chr1	38787938	38787938	1
Insertion	Chr10	14002198	14002198	1
Insertion	Chr10	20304360	20304365	6
Insertion	Chr10	8802629	8802629	1
Insertion	Chr11	15578811	15578816	6
Insertion	Chr12	11836374	11836419	46
Insertion	Chr12	12666970	12666970	1
Insertion	Chr2	20440560	20440561	2
Insertion	Chr2	21913119	21913119	1	LOC_Os02g36290
Insertion	Chr4	29369797	29369798	2
Insertion	Chr4	31598752	31598753	2
Insertion	Chr5	18570978	18570978	1
Insertion	Chr6	21519232	21519232	1
Insertion	Chr8	17507783	17507825	43
Insertion	Chr8	20674425	20674468	44
Insertion	Chr9	18633431	18633432	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	1754460	2102853	LOC_Os01g04030
Inversion	Chr1	1754461	2102867	LOC_Os01g04030
Inversion	Chr9	8849155	8849418
Inversion	Chr6	12718778	12719076	LOC_Os06g21990

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	15765284	Chr3	15248054	2
Translocation	Chr5	16732072	Chr4	21907968	LOC_Os04g35930
Translocation	Chr5	16787806	Chr4	21909499

Main menu

You are here

Search Nipponbare