Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4529-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4529-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 106

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	1003187	G-A	HET	LOC_Os01g02860
SBS	Chr1	12920229	A-G	HET
SBS	Chr1	21618032	C-T	HET
SBS	Chr1	23232215	G-A	HOMO
SBS	Chr1	23232216	T-C	HOMO
SBS	Chr1	23232217	G-T	HOMO
SBS	Chr1	24303197	T-C	HET
SBS	Chr1	26453056	T-A	HET
SBS	Chr1	29746244	C-A	HET
SBS	Chr1	31714076	A-T	HET
SBS	Chr1	33901343	T-A	HET
SBS	Chr1	37634852	T-C	HET
SBS	Chr10	15260002	C-A	HET
SBS	Chr10	2069652	C-A	HET
SBS	Chr10	22287828	C-T	HET
SBS	Chr10	22868888	G-T	HET	LOC_Os10g42439
SBS	Chr11	12993522	A-G	HET
SBS	Chr11	15278725	G-T	HET	LOC_Os11g26670
SBS	Chr11	23091428	C-A	HET	LOC_Os11g38820
SBS	Chr11	484957	C-A	HET
SBS	Chr11	7369897	C-A	HET
SBS	Chr11	8680663	G-A	HET
SBS	Chr12	12375029	T-C	HET
SBS	Chr12	12394335	G-T	HET	LOC_Os12g22030
SBS	Chr12	13716881	G-A	HET	LOC_Os12g24110
SBS	Chr12	15359834	G-C	HET
SBS	Chr12	15834728	T-C	HET
SBS	Chr12	16653531	A-T	HET
SBS	Chr12	17103260	T-C	HET
SBS	Chr12	22334512	C-G	HET
SBS	Chr12	23100663	C-A	HET	LOC_Os12g37620
SBS	Chr12	2511046	G-A	HET	LOC_Os12g05490
SBS	Chr12	25417186	T-A	HOMO
SBS	Chr12	25417188	G-A	HOMO
SBS	Chr12	26689069	C-A	HET
SBS	Chr12	4440277	G-A	HET
SBS	Chr12	6592268	T-C	HET
SBS	Chr2	12114032	A-G	HET
SBS	Chr2	15942022	C-T	HET
SBS	Chr2	17840011	G-T	HET
SBS	Chr2	19481002	C-T	HET
SBS	Chr2	23028724	T-C	HOMO
SBS	Chr2	24911688	G-C	HET	LOC_Os02g41540
SBS	Chr2	34884946	A-G	HET	LOC_Os02g56910
SBS	Chr3	14840994	T-A	HET
SBS	Chr3	15620590	T-C	HET
SBS	Chr3	1701456	G-A	HET
SBS	Chr3	18818890	C-G	HOMO
SBS	Chr3	22518048	G-A	HET
SBS	Chr3	2593373	C-A	HOMO
SBS	Chr3	26058821	G-A	HET	LOC_Os03g46080
SBS	Chr3	26954686	G-T	HET	LOC_Os03g47610
SBS	Chr3	32123475	T-A	HET
SBS	Chr3	4845032	C-T	HOMO
SBS	Chr3	6920134	T-A	HET
SBS	Chr3	6920135	T-A	HET
SBS	Chr3	6920136	G-A	HET
SBS	Chr3	7969678	A-G	HET
SBS	Chr3	8806433	C-A	HET
SBS	Chr4	20002422	G-A	HOMO
SBS	Chr4	2288208	G-A	HET
SBS	Chr4	23826620	C-A	HET
SBS	Chr4	35034575	T-C	HET
SBS	Chr4	8485537	C-A	HET	LOC_Os04g15600
SBS	Chr5	16827775	A-G	HET
SBS	Chr5	18180580	T-A	HET	LOC_Os05g31254
SBS	Chr5	18180581	G-A	HET	LOC_Os05g31254
SBS	Chr5	18788450	G-A	HET
SBS	Chr5	19151228	A-C	HET
SBS	Chr5	19295734	G-A	HET	LOC_Os05g32940
SBS	Chr5	19361825	A-T	HET
SBS	Chr5	23073199	C-A	HET
SBS	Chr5	26506731	G-T	HET
SBS	Chr5	3689735	T-C	HET
SBS	Chr5	702039	C-T	HET
SBS	Chr6	11931589	A-G	HET
SBS	Chr6	12132365	C-T	HET
SBS	Chr6	13629638	G-T	HET
SBS	Chr6	17553015	G-T	HET	LOC_Os06g30380
SBS	Chr6	22192750	T-A	HET
SBS	Chr6	2387111	T-G	HET
SBS	Chr6	5597843	G-A	HET
SBS	Chr6	8223720	G-A	HET	LOC_Os06g14610
SBS	Chr6	9819896	G-A	HET
SBS	Chr7	10594948	G-T	HET
SBS	Chr7	12622262	G-T	HOMO
SBS	Chr7	22282377	A-T	HET	LOC_Os07g37190
SBS	Chr7	2234828	T-A	HET
SBS	Chr7	23249433	A-G	HET
SBS	Chr7	24768843	C-T	HET	LOC_Os07g41350
SBS	Chr7	382889	A-G	HET
SBS	Chr7	7296632	C-T	HET
SBS	Chr7	9419866	A-G	HET
SBS	Chr8	12894398	A-G	HET
SBS	Chr8	14121747	C-A	HET
SBS	Chr8	15971212	C-T	HET
SBS	Chr9	11059680	A-T	HOMO
SBS	Chr9	12966780	A-C	HOMO
SBS	Chr9	13623692	G-T	HOMO
SBS	Chr9	16527067	A-G	HET
SBS	Chr9	16707443	C-T	HET
SBS	Chr9	2047937	C-T	HET
SBS	Chr9	21324014	C-A	HET
SBS	Chr9	4410657	C-T	HET
SBS	Chr9	5781687	C-A	HET
SBS	Chr9	8938422	C-T	HET

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	2178755	2178755	1
Deletion	Chr4	3331851	3331851	1
Deletion	Chr6	4622010	4622010	1
Deletion	Chr8	6648590	6648605	16
Deletion	Chr11	6843061	6843238	178	LOC_Os11g12250
Deletion	Chr12	7507217	7507226	10	LOC_Os12g13420
Deletion	Chr9	7836381	7836381	1
Deletion	Chr6	9840281	9840281	1
Deletion	Chr12	10793249	10793251	3
Deletion	Chr10	12705045	12705045	1
Deletion	Chr1	13729515	13729619	105
Deletion	Chr12	15195240	15195309	70
Deletion	Chr4	15219285	15219371	87
Deletion	Chr12	16952123	16952181	59	LOC_Os12g28690
Deletion	Chr5	17756958	17756958	1
Deletion	Chr5	19313001	19337000	24000	4
Deletion	Chr4	19821921	19821921	1
Deletion	Chr10	21058496	21058529	34	LOC_Os10g39460
Deletion	Chr12	21920980	21920981	2
Deletion	Chr12	23024348	23024369	22
Deletion	Chr1	23236305	23236307	3
Deletion	Chr2	23617523	23617523	1
Deletion	Chr12	26811495	26811495	1
Deletion	Chr5	26972001	27128000	156000	27
Deletion	Chr6	28718710	28718715	6	LOC_Os06g47380
Deletion	Chr6	29012517	29012610	94
Deletion	Chr4	29698443	29698456	14

Insertions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	12538303	12538303	1
Insertion	Chr1	19991226	19991228	3
Insertion	Chr1	29661307	29661307	1
Insertion	Chr10	3061973	3061973	1
Insertion	Chr10	786700	786700	1
Insertion	Chr11	2163968	2163968	1
Insertion	Chr11	23031920	23031961	42
Insertion	Chr11	24993502	24993502	1
Insertion	Chr11	4262535	4262557	23
Insertion	Chr12	11016854	11016854	1
Insertion	Chr12	12616516	12616516	1
Insertion	Chr2	32654577	32654593	17
Insertion	Chr2	33662626	33662626	1
Insertion	Chr2	5542151	5542152	2
Insertion	Chr2	7458562	7458566	5
Insertion	Chr3	15055195	15055195	1
Insertion	Chr3	915058	915058	1
Insertion	Chr4	11634229	11634350	122
Insertion	Chr4	17209076	17209076	1
Insertion	Chr4	26648739	26648812	74
Insertion	Chr5	12367664	12367666	3	LOC_Os05g21020
Insertion	Chr6	11144460	11144484	25	LOC_Os06g19570
Insertion	Chr6	31125907	31125907	1
Insertion	Chr6	8045661	8045661	1
Insertion	Chr7	18061748	18061748	1
Insertion	Chr7	22481083	22481083	1
Insertion	Chr7	686241	686241	1
Insertion	Chr8	9587328	9587328	1

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	6707237	6707500
Inversion	Chr6	7102747	7102948	LOC_Os06g12980
Inversion	Chr7	8146825	8146991
Inversion	Chr8	8981784	8981873
Inversion	Chr10	9926236	9926374
Inversion	Chr4	13008549	13008738
Inversion	Chr7	16020230	16020473

No Translocation

Main menu

You are here

Search Nipponbare