Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13124797	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	32318571	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	32318572	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	35938666	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	43184849	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	13518482	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23514700	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	23514706	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	23530064	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39510
SBS	Chr12	14050161	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	10959724	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	19912048	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32353874	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	32353875	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	32353876	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	11336385	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12180174	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	17062961	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	21891183	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	25569810	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	25569811	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	30893136	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	9554405	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g17170
SBS	Chr4	13312923	T-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	35272987	A-C	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	13040665	G-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g22430
SBS	Chr7	18011209	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	20261285	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	24576743	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	17997551	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	5875249	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	10501082	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	662398	A-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	466001	695000	229000	49
Deletion	Chr10	2950721	2950726	5	LOC_Os10g05840
Deletion	Chr9	12426218	12426222	4
Deletion	Chr4	13898084	13898088	4
Deletion	Chr6	20282079	20282086	7
Deletion	Chr6	20303494	20303495	1	LOC_Os06g34910
Deletion	Chr9	21903855	21903858	3
Deletion	Chr3	33781750	33781755	5	LOC_Os03g59340

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	15177337	15177338	2

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	19492191	Chr8	17383265	LOC_Os08g28470
Translocation	Chr9	19492230	Chr8	17383628	LOC_Os08g28470
Translocation	Chr10	21815731	Chr8	18011226	LOC_Os08g29360
Translocation	Chr10	21815737	Chr8	18010966	LOC_Os08g29360
Translocation	Chr4	27746233	Chr3	16831606

Main menu