Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	11282413	A-T	HOMO
SBS	Chr1	12006672	C-T	HET
SBS	Chr1	12521760	A-G	HOMO	LOC_Os01g22270
SBS	Chr1	30578795	C-A	HET
SBS	Chr1	39351579	G-C	HET
SBS	Chr1	9658842	G-T	HET
SBS	Chr10	2267773	A-G	HET	LOC_Os10g04740
SBS	Chr10	4262592	G-C	HET
SBS	Chr10	647334	A-G	HET
SBS	Chr10	985471	C-T	HET
SBS	Chr11	14923124	A-T	HOMO
SBS	Chr11	19539632	T-C	HET
SBS	Chr11	21320933	T-C	HET
SBS	Chr11	8371505	G-T	HET
SBS	Chr12	11791665	C-T	HET
SBS	Chr12	16700550	T-C	HOMO
SBS	Chr12	17515165	T-A	HOMO	LOC_Os12g29480
SBS	Chr12	21489004	C-A	HET
SBS	Chr12	7896554	G-A	HET
SBS	Chr12	8642449	C-T	HET
SBS	Chr2	15438294	A-C	HOMO
SBS	Chr2	2760422	A-G	HET
SBS	Chr3	10285725	G-A	HOMO
SBS	Chr3	2534645	G-T	HOMO	LOC_Os03g05225
SBS	Chr3	6364936	C-T	HET
SBS	Chr4	1686229	G-C	HOMO
SBS	Chr4	20515751	G-A	HET
SBS	Chr4	20515752	C-G	HET
SBS	Chr4	20515753	C-A	HET
SBS	Chr4	29763786	A-G	HET
SBS	Chr4	5373145	G-A	HET
SBS	Chr5	21994018	T-G	HET	LOC_Os05g37590
SBS	Chr5	22285749	T-C	HET
SBS	Chr5	24467434	A-G	HET
SBS	Chr5	4393627	G-A	HET
SBS	Chr6	13286488	C-T	HOMO
SBS	Chr6	14803663	G-A	HET
SBS	Chr6	24842620	G-T	HET
SBS	Chr6	3770299	G-A	HET	LOC_Os06g07770
SBS	Chr7	1199451	A-G	HOMO
SBS	Chr7	15120548	T-C	HET
SBS	Chr7	18652071	G-C	HET
SBS	Chr7	25787196	G-A	HET
SBS	Chr8	14790179	C-T	HET
SBS	Chr8	22207010	C-T	HET
SBS	Chr8	27486444	C-T	HET
SBS	Chr8	3429022	A-G	HOMO
SBS	Chr8	8562605	C-A	HET	LOC_Os08g14290
SBS	Chr9	10962555	C-A	HET
SBS	Chr9	1307374	T-G	HET
SBS	Chr9	17992349	C-T	HET

Deletions: 30

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2221997	2221997	1
Deletion	Chr7	2790144	2790148	5
Deletion	Chr4	2830957	2830957	1
Deletion	Chr2	3833301	3833304	4
Deletion	Chr9	4605979	4605980	2
Deletion	Chr5	5603717	5603717	1	LOC_Os05g10270
Deletion	Chr7	6527513	6527581	69
Deletion	Chr11	7216931	7217024	94
Deletion	Chr2	8742859	8742860	2
Deletion	Chr9	12441485	12441485	1
Deletion	Chr1	12553281	12553286	6
Deletion	Chr4	12678674	12678684	11
Deletion	Chr2	15625297	15625381	85
Deletion	Chr4	16692177	16692182	6
Deletion	Chr12	16712001	16731000	19000	3
Deletion	Chr4	17332277	17332280	4
Deletion	Chr10	17579073	17579073	1
Deletion	Chr6	17982420	17982426	7
Deletion	Chr6	18053214	18053214	1
Deletion	Chr4	18132441	18132441	1
Deletion	Chr7	19225874	19225878	5
Deletion	Chr8	20680416	20680416	1
Deletion	Chr6	20730092	20730092	1
Deletion	Chr3	21561813	21561814	2
Deletion	Chr5	23592336	23592336	1
Deletion	Chr6	23743227	23743227	1	LOC_Os06g39920
Deletion	Chr2	24914955	24914955	1
Deletion	Chr1	25214034	25214034	1
Deletion	Chr2	28017054	28017059	6
Deletion	Chr2	32005986	32005986	1

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	33674284	33674286	3
Insertion	Chr11	21528429	21528429	1
Insertion	Chr11	26602815	26602889	75
Insertion	Chr2	9009052	9009057	6
Insertion	Chr4	30723761	30723761	1
Insertion	Chr6	4965413	4965419	7
Insertion	Chr7	171713	171713	1
Insertion	Chr7	28804823	28804823	1
Insertion	Chr9	10441469	10441469	1

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr4	1086867	Chr1	617213
Translocation	Chr4	1087316	Chr1	617202
Translocation	Chr10	5301589	Chr8	12706298
Translocation	Chr8	11446160	Chr2	4439077
Translocation	Chr8	11446161	Chr2	4439402

Main menu