Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	12955501	G-A	HET	LOC_Os01g23020
SBS	Chr1	15609770	C-T	HET	LOC_Os01g27920
SBS	Chr1	16734897	C-T	HET
SBS	Chr1	16734898	C-T	HET
SBS	Chr1	22138735	G-A	HET	LOC_Os01g39330
SBS	Chr1	24581701	G-T	HET
SBS	Chr1	24581712	C-T	HET	LOC_Os01g43090
SBS	Chr1	37334842	G-A	HET
SBS	Chr1	6404185	T-C	HET
SBS	Chr1	7394481	G-T	HET
SBS	Chr10	16738987	A-G	HET
SBS	Chr10	19772291	A-G	HET
SBS	Chr11	20053934	G-A	HET	LOC_Os11g34240
SBS	Chr11	2162385	G-A	HOMO
SBS	Chr11	8785092	T-A	HET
SBS	Chr11	9851443	C-T	HET
SBS	Chr12	8215348	G-A	HET	LOC_Os12g14410
SBS	Chr12	9610087	G-A	HOMO	LOC_Os12g16760
SBS	Chr2	15481595	G-A	HET
SBS	Chr2	22038485	T-C	HET
SBS	Chr2	27957289	C-A	HET
SBS	Chr2	28080557	A-T	HET
SBS	Chr2	29662618	G-T	HET
SBS	Chr2	30153773	G-T	HET
SBS	Chr2	32181414	C-T	HET
SBS	Chr3	22264947	G-A	HET
SBS	Chr3	7646392	A-G	HET
SBS	Chr4	10645425	C-A	HOMO
SBS	Chr4	18299849	T-C	HOMO
SBS	Chr4	21293892	C-A	HOMO
SBS	Chr4	27098633	G-T	HOMO
SBS	Chr4	641458	C-T	HET	LOC_Os04g02030
SBS	Chr4	6732612	G-A	HOMO
SBS	Chr4	6732613	C-A	HOMO
SBS	Chr5	22047123	A-T	HET
SBS	Chr5	5391797	G-T	HOMO	LOC_Os05g09540
SBS	Chr6	16082809	T-G	HET	LOC_Os06g28310
SBS	Chr6	27580514	C-A	HET
SBS	Chr6	2815894	A-G	HET
SBS	Chr7	14435968	T-C	HET	LOC_Os07g25270
SBS	Chr7	24739794	T-G	HET
SBS	Chr7	25367735	C-A	HET
SBS	Chr7	25454593	T-A	HET
SBS	Chr7	6819106	A-G	HET
SBS	Chr7	7537971	G-T	HOMO
SBS	Chr8	3101604	A-G	HET
SBS	Chr8	7049165	C-A	HET
SBS	Chr9	1555444	C-A	HET	LOC_Os09g03220
SBS	Chr9	20847380	C-G	HET
SBS	Chr9	2151176	C-A	HET
SBS	Chr9	4621560	A-G	HOMO

Deletions: 36

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	1731385	1731386	2
Deletion	Chr8	3521233	3521245	13
Deletion	Chr7	5273699	5273708	10
Deletion	Chr5	5340001	5511000	171000	23
Deletion	Chr5	5580001	6019000	439000	61
Deletion	Chr5	6026001	6198000	172000	19
Deletion	Chr5	6203001	6214000	11000	LOC_Os05g11070
Deletion	Chr5	6217001	6314000	97000	11
Deletion	Chr10	7796839	7796842	4
Deletion	Chr5	7978369	7978370	2
Deletion	Chr4	8143895	8143915	21
Deletion	Chr5	9908248	9908248	1
Deletion	Chr4	11791986	11791988	3
Deletion	Chr5	12065018	12065032	15	LOC_Os05g20560
Deletion	Chr3	12077415	12077415	1
Deletion	Chr1	12092971	12092975	5	LOC_Os01g21590
Deletion	Chr6	12216078	12216120	43
Deletion	Chr2	13593794	13593822	29
Deletion	Chr1	14028969	14028969	1
Deletion	Chr6	14959163	14959171	9
Deletion	Chr4	15042295	15042295	1
Deletion	Chr5	15240652	15240653	2	LOC_Os05g26190
Deletion	Chr5	15442509	15442510	2
Deletion	Chr1	17255032	17255034	3
Deletion	Chr6	17342777	17342783	7
Deletion	Chr3	20153685	20153688	4
Deletion	Chr5	20725472	20725472	1	LOC_Os05g34880
Deletion	Chr3	22108681	22108684	4
Deletion	Chr4	24701280	24701283	4	LOC_Os04g41660
Deletion	Chr12	24705202	24705205	4	LOC_Os12g39980
Deletion	Chr8	25041484	25041488	5
Deletion	Chr11	26982412	26982412	1
Deletion	Chr6	28524211	28524212	2	LOC_Os06g47030
Deletion	Chr4	33538382	33538382	1
Deletion	Chr1	36490440	36490445	6
Deletion	Chr1	39553215	39553215	1

Insertions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	20516603	20516605	3
Insertion	Chr1	23783022	23783067	46
Insertion	Chr10	15055933	15055933	1	LOC_Os10g28890
Insertion	Chr10	22791890	22791890	1
Insertion	Chr11	8110196	8110196	1
Insertion	Chr12	24987481	24987482	2
Insertion	Chr2	26793248	26793259	12
Insertion	Chr2	571607	571608	2
Insertion	Chr3	3907091	3907092	2
Insertion	Chr4	13415121	13415204	84	LOC_Os04g23470
Insertion	Chr4	4829351	4829354	4
Insertion	Chr4	7706796	7706796	1
Insertion	Chr5	11214532	11214532	1
Insertion	Chr5	18753969	18753972	4
Insertion	Chr5	1956146	1956149	4
Insertion	Chr5	8194568	8194568	1
Insertion	Chr6	1183022	1183022	1
Insertion	Chr6	18354056	18354057	2
Insertion	Chr6	21995532	21995540	9
Insertion	Chr7	18931387	18931387	1
Insertion	Chr8	11120676	11120676	1
Insertion	Chr8	12160651	12160651	1
Insertion	Chr9	10156799	10156802	4	LOC_Os09g16540

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr10	18170279	18170534
Inversion	Chr5	23098091	23547845
Inversion	Chr3	31298033	32002018
Inversion	Chr3	31298042	32002037

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	15534738	Chr1	23827305
Translocation	Chr5	23098027	Chr1	9969871

Main menu