Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	16398004	G-A	HET
SBS	Chr1	22490059	G-C	HET	LOC_Os01g39860
SBS	Chr1	23260839	A-C	HET	LOC_Os01g41070
SBS	Chr1	25247238	A-T	HET
SBS	Chr1	37876195	C-T	HET
SBS	Chr1	7688743	C-T	HET
SBS	Chr10	14791592	G-C	HET
SBS	Chr10	1583100	T-A	HET
SBS	Chr10	21119134	G-C	HET	LOC_Os10g39530
SBS	Chr11	17533093	G-T	HET
SBS	Chr11	8591059	G-A	HET
SBS	Chr11	8729359	A-G	HET
SBS	Chr12	13807976	T-C	HET
SBS	Chr12	18306537	T-C	HOMO
SBS	Chr12	26566763	T-C	HET
SBS	Chr2	25598299	G-A	HOMO
SBS	Chr2	34415509	C-T	HET
SBS	Chr2	35687137	C-T	HET
SBS	Chr2	6259069	T-C	HOMO
SBS	Chr2	6840779	C-A	HOMO
SBS	Chr3	17272599	G-T	HET
SBS	Chr3	257470	G-A	HET
SBS	Chr3	4408749	T-C	HET
SBS	Chr4	10384185	G-A	HOMO
SBS	Chr4	13163151	T-C	HET
SBS	Chr4	18231697	G-A	HET
SBS	Chr4	25948529	T-A	HET
SBS	Chr4	8379179	A-T	HOMO
SBS	Chr5	12427621	G-T	HET
SBS	Chr5	19228285	T-A	HET
SBS	Chr5	20440863	G-T	HET
SBS	Chr5	20440864	C-T	HET
SBS	Chr5	24320040	T-A	HET
SBS	Chr5	25120877	C-T	HET
SBS	Chr5	27280118	G-A	HET	LOC_Os05g47610
SBS	Chr6	16338826	C-T	HET
SBS	Chr6	17070541	C-T	HOMO
SBS	Chr6	19499263	C-T	HET
SBS	Chr6	24905991	C-G	HET
SBS	Chr7	13861386	C-T	HET
SBS	Chr7	15229266	A-G	HOMO
SBS	Chr7	27209611	G-A	HET	LOC_Os07g45590
SBS	Chr8	22224104	G-T	HET
SBS	Chr8	25044040	G-A	HET	LOC_Os08g39580
SBS	Chr8	25265315	G-A	HET
SBS	Chr8	26040590	G-C	HET
SBS	Chr8	27243242	C-T	HOMO
SBS	Chr8	2780571	A-G	HET
SBS	Chr8	3297725	A-C	HET

Deletions: 30

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	355579	355585	7
Deletion	Chr10	461059	461060	2
Deletion	Chr6	1051742	1051744	3
Deletion	Chr3	2524471	2524471	1	LOC_Os03g05200
Deletion	Chr3	2630261	2630269	9
Deletion	Chr10	5028001	5038000	10000	2
Deletion	Chr10	5040001	5072000	32000	9
Deletion	Chr10	5093091	5093096	6	LOC_Os10g09440
Deletion	Chr10	5104929	5104929	1
Deletion	Chr7	7456610	7456628	19
Deletion	Chr10	8098027	8098055	29
Deletion	Chr1	9486621	9486625	5
Deletion	Chr1	11485189	11485194	6
Deletion	Chr7	11606100	11606104	5
Deletion	Chr12	12406026	12406028	3
Deletion	Chr12	12434519	12434519	1
Deletion	Chr4	12627976	12627976	1
Deletion	Chr12	19262065	19262067	3
Deletion	Chr1	20028734	20028736	3
Deletion	Chr5	20636473	20636475	3
Deletion	Chr8	22073984	22073984	1
Deletion	Chr3	23215136	23215158	23
Deletion	Chr5	24020614	24020625	12
Deletion	Chr5	24531041	24531042	2
Deletion	Chr7	24688080	24688080	1
Deletion	Chr5	25605537	25605537	1
Deletion	Chr4	25653126	25653138	13
Deletion	Chr12	25951140	25951140	1
Deletion	Chr8	28271028	28271031	4
Deletion	Chr7	29493001	29671000	178000	27

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	33952401	33952401	1
Insertion	Chr1	37715278	37715350	73
Insertion	Chr10	14393229	14393275	47
Insertion	Chr10	5183503	5183503	1
Insertion	Chr11	21327555	21327555	1
Insertion	Chr12	4425003	4425003	1
Insertion	Chr2	8726332	8726332	1
Insertion	Chr3	34789591	34789593	3
Insertion	Chr4	8819161	8819161	1
Insertion	Chr7	1188594	1188719	126
Insertion	Chr8	5767028	5767028	1
Insertion	Chr9	10121466	10121485	20
Insertion	Chr9	712897	712898	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr8	1127261	1226054
Inversion	Chr7	11783648	12002347
Inversion	Chr9	14996315	14996471
Inversion	Chr1	15208597	15208753
Inversion	Chr12	22715436	22715686

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	702136	Chr2	22762716	LOC_Os06g02240
Translocation	Chr6	702144	Chr2	22763473	LOC_Os06g02240
Translocation	Chr8	1127270	Chr1	25265670
Translocation	Chr8	1356823	Chr1	25266306	LOC_Os08g03030
Translocation	Chr12	7388810	Chr10	3079686
Translocation	Chr4	22487068	Chr3	29119853	LOC_Os03g50970
Translocation	Chr4	22487071	Chr3	29119958

Main menu