Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	10359307	C-T	HET
SBS	Chr1	1632170	C-T	HET
SBS	Chr1	19283666	C-A	HOMO
SBS	Chr1	26347902	A-G	HET
SBS	Chr1	43135564	G-A	HET
SBS	Chr10	12626743	G-A	HOMO	LOC_Os10g24600
SBS	Chr10	4464601	T-A	HET
SBS	Chr10	8754067	T-G	HET
SBS	Chr11	16032365	C-A	HET
SBS	Chr11	22274633	C-A	HET	LOC_Os11g37700
SBS	Chr11	2553906	C-A	HET
SBS	Chr11	5504798	C-T	HET
SBS	Chr11	6106800	A-G	HET
SBS	Chr11	8045210	C-T	HET
SBS	Chr11	9339112	G-T	HET
SBS	Chr12	12519546	A-G	HET	LOC_Os12g22210
SBS	Chr12	14068233	C-A	HET
SBS	Chr12	15529484	C-T	HET	LOC_Os12g26560
SBS	Chr12	21078735	A-G	HET
SBS	Chr2	17147463	G-C	HOMO
SBS	Chr2	25971215	C-T	HET
SBS	Chr2	31390208	G-A	HOMO
SBS	Chr3	9389466	T-A	HET
SBS	Chr4	13454751	T-C	HOMO
SBS	Chr4	1446657	G-A	HET
SBS	Chr4	5818609	G-T	HET	LOC_Os04g10700
SBS	Chr5	10132355	A-T	HOMO
SBS	Chr5	11510262	A-G	HET	LOC_Os05g19730
SBS	Chr5	15510354	T-C	HET
SBS	Chr5	17434475	A-G	HET
SBS	Chr5	27987484	C-T	HET
SBS	Chr5	9574715	C-T	HET
SBS	Chr5	9738944	C-A	HET
SBS	Chr6	10631838	C-G	HOMO
SBS	Chr6	17103246	G-T	HET
SBS	Chr6	30049698	G-A	HET
SBS	Chr7	15113679	G-A	HET
SBS	Chr7	18455605	A-G	HET
SBS	Chr8	10616140	C-T	HET
SBS	Chr8	11272633	T-C	HET
SBS	Chr8	13987178	G-T	HET
SBS	Chr8	13987179	C-T	HET
SBS	Chr8	16209016	C-G	HET
SBS	Chr8	23535395	C-T	HET
SBS	Chr8	23726598	T-C	HET
SBS	Chr8	25064255	G-A	HET
SBS	Chr8	27550615	T-C	HET
SBS	Chr8	28057730	T-A	HET
SBS	Chr9	11965039	A-G	HET
SBS	Chr9	13643782	C-A	HET
SBS	Chr9	21308205	A-G	HOMO

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	547824	547828	5
Deletion	Chr10	1315381	1315383	3	LOC_Os10g03110
Deletion	Chr7	2133729	2133750	22
Deletion	Chr8	3022001	3033000	11000	3
Deletion	Chr1	3527343	3527344	2
Deletion	Chr6	3529255	3529256	2
Deletion	Chr11	6501992	6501995	4
Deletion	Chr10	9272556	9272565	10
Deletion	Chr1	9436381	9436385	5
Deletion	Chr6	12146700	12146700	1
Deletion	Chr4	12159864	12159871	8	LOC_Os04g21500
Deletion	Chr2	13752849	13753003	155
Deletion	Chr12	14813678	14813704	27
Deletion	Chr8	15105083	15105088	6
Deletion	Chr11	16133207	16133208	2
Deletion	Chr1	17854556	17854561	6
Deletion	Chr6	17946482	17946490	9
Deletion	Chr9	21772465	21772465	1
Deletion	Chr1	22017001	22032000	15000	2
Deletion	Chr10	22297028	22297030	3
Deletion	Chr1	22866462	22866469	8
Deletion	Chr1	22910037	22910041	5
Deletion	Chr11	25800654	25800654	1
Deletion	Chr4	26312380	26312380	1
Deletion	Chr1	28754001	28953000	199000	33
Deletion	Chr2	29820804	29820819	16
Deletion	Chr2	32348908	32348908	1

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	11712116	11712116	1
Insertion	Chr1	38126198	38126198	1
Insertion	Chr11	17887434	17887441	8
Insertion	Chr11	22811296	22811296	1
Insertion	Chr11	24967464	24967464	1
Insertion	Chr12	18395995	18396096	102
Insertion	Chr3	33755249	33755350	102
Insertion	Chr4	17505257	17505280	24	LOC_Os04g29440
Insertion	Chr4	33538297	33538297	1
Insertion	Chr5	20560414	20560414	1
Insertion	Chr7	11612956	11612956	1
Insertion	Chr7	14154436	14154460	25

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	16232677	16232817	LOC_Os01g28989

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	9601897	Chr1	6723369
Translocation	Chr3	9601927	Chr1	6724005

Main menu