Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 63

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	11430158	C-A	HET
SBS	Chr1	11496910	T-G	HET
SBS	Chr1	16938974	C-A	HET
SBS	Chr1	22377036	A-G	HET	LOC_Os01g39670
SBS	Chr1	22978877	C-T	HET
SBS	Chr1	2677769	T-A	HOMO
SBS	Chr1	3059177	T-A	HOMO	LOC_Os01g06500
SBS	Chr1	33381907	G-T	HET
SBS	Chr1	40767526	T-A	HOMO
SBS	Chr1	5180148	C-T	HET
SBS	Chr1	9782448	T-C	HET
SBS	Chr10	11432889	G-T	HET	LOC_Os10g22130
SBS	Chr10	17917168	G-A	HET	LOC_Os10g33800
SBS	Chr10	17917169	T-A	HET
SBS	Chr10	4928722	C-A	HET
SBS	Chr12	14422628	T-A	HET
SBS	Chr12	14422629	A-G	HET
SBS	Chr12	15360403	G-T	HET
SBS	Chr12	2325089	G-T	HET
SBS	Chr2	10966132	T-A	HET
SBS	Chr2	11637663	C-T	HET
SBS	Chr2	14560358	C-T	HET
SBS	Chr2	15336426	A-T	HOMO	LOC_Os02g26100
SBS	Chr2	18874810	T-C	HET
SBS	Chr2	20637183	T-C	HET
SBS	Chr2	33186571	G-A	HET
SBS	Chr3	11688708	G-A	HOMO
SBS	Chr3	17346457	G-T	HET
SBS	Chr3	17712956	C-T	HET
SBS	Chr3	22843868	G-A	HET
SBS	Chr3	24631136	A-G	HET
SBS	Chr3	24649969	G-A	HET
SBS	Chr4	11942064	G-A	HET
SBS	Chr4	17220807	G-T	HET
SBS	Chr4	20443476	G-T	HET
SBS	Chr4	6402381	G-A	HET
SBS	Chr4	6547665	G-T	HET	LOC_Os04g11930
SBS	Chr4	7679161	A-G	HOMO
SBS	Chr5	11823805	C-G	HET	LOC_Os05g20200
SBS	Chr5	13597985	C-T	HET
SBS	Chr5	14049756	A-C	HET
SBS	Chr5	22561471	G-T	HET
SBS	Chr5	7997782	T-C	HET
SBS	Chr5	9422521	G-A	HET
SBS	Chr6	17399795	G-A	HET
SBS	Chr6	27367974	C-T	HET
SBS	Chr6	28184923	A-T	HET
SBS	Chr6	29640649	T-C	HET
SBS	Chr6	4800082	C-A	HET
SBS	Chr7	10866548	T-A	HET	LOC_Os07g18340
SBS	Chr7	21636124	C-T	HET
SBS	Chr7	28839536	C-A	HET
SBS	Chr7	4126130	G-A	HET
SBS	Chr8	11081161	T-G	HET
SBS	Chr8	12284292	A-T	HET
SBS	Chr8	16480049	G-A	HET
SBS	Chr8	17101861	T-C	HET
SBS	Chr8	20650920	T-A	HET
SBS	Chr8	7182081	T-A	HET
SBS	Chr9	16453389	A-G	HET
SBS	Chr9	19355230	T-C	HET
SBS	Chr9	5898641	G-A	HET
SBS	Chr9	8636531	C-A	HET

Deletions: 31

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	2232935	2232939	5
Deletion	Chr12	2458904	2458904	1
Deletion	Chr8	2701566	2701566	1
Deletion	Chr1	3041960	3041963	4
Deletion	Chr10	3177911	3177912	2	LOC_Os10g06200
Deletion	Chr3	3258395	3258400	6
Deletion	Chr9	6350747	6350747	1
Deletion	Chr5	10096998	10096999	2
Deletion	Chr12	11413331	11413333	3
Deletion	Chr11	11526809	11526856	48	LOC_Os11g20030
Deletion	Chr12	11847001	11857000	10000	2
Deletion	Chr11	12093572	12093574	3
Deletion	Chr12	12818824	12818824	1
Deletion	Chr7	13789093	13789093	1
Deletion	Chr11	13948555	13948559	5
Deletion	Chr6	14857211	14857211	1
Deletion	Chr9	15339665	15339673	9
Deletion	Chr6	15653526	15653532	7	LOC_Os06g27650
Deletion	Chr5	16609649	16609649	1
Deletion	Chr5	17854674	17854681	8
Deletion	Chr9	18156001	18173000	17000	4
Deletion	Chr4	18372685	18372685	1
Deletion	Chr3	20026338	20026338	1
Deletion	Chr10	20502589	20502589	1
Deletion	Chr2	21938220	21938220	1
Deletion	Chr7	23691906	23691906	1
Deletion	Chr7	23711029	23711036	8
Deletion	Chr6	26413143	26413143	1
Deletion	Chr2	27828843	27828850	8
Deletion	Chr2	29633989	29633990	2
Deletion	Chr6	30292873	30292873	1

Insertions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	13703828	13703828	1
Insertion	Chr10	3218861	3218862	2
Insertion	Chr11	27641300	27641328	29
Insertion	Chr12	21365165	21365165	1
Insertion	Chr2	14946076	14946077	2
Insertion	Chr2	25847885	25847887	3
Insertion	Chr2	28647718	28647718	1
Insertion	Chr3	34562923	34563013	91
Insertion	Chr3	3611188	3611227	40
Insertion	Chr4	2359340	2359341	2
Insertion	Chr5	29117705	29117706	2
Insertion	Chr5	29945899	29945899	1
Insertion	Chr5	5610070	5610071	2
Insertion	Chr6	18938534	18938534	1
Insertion	Chr8	5023794	5023887	94
Insertion	Chr9	19013455	19013455	1
Insertion	Chr9	22463086	22463100	15

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	15722579	15903171	LOC_Os10g30260
Inversion	Chr7	21360301	21386461	LOC_Os07g35660
Inversion	Chr7	21360303	21386459	LOC_Os07g35660

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	6164867	Chr4	10967289	LOC_Os04g19660
Translocation	Chr11	18880801	Chr9	6164869
Translocation	Chr11	18881090	Chr4	10966891	LOC_Os04g19660
Translocation	Chr8	26329658	Chr7	17504014
Translocation	Chr8	26331937	Chr7	17504021

Main menu