Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	11936911	G-A	HET	LOC_Os01g21360
SBS	Chr1	14392491	G-A	HET
SBS	Chr1	22914421	T-C	HET
SBS	Chr1	37169859	T-A	HET
SBS	Chr10	22905633	G-T	HOMO
SBS	Chr10	6597854	G-A	HOMO
SBS	Chr11	13539814	C-T	HET
SBS	Chr11	23722718	C-T	HET
SBS	Chr11	23848795	G-A	HET
SBS	Chr11	8349938	G-A	HET	LOC_Os11g14840
SBS	Chr12	10181193	G-A	HET
SBS	Chr12	20174051	T-C	HET	LOC_Os12g33360
SBS	Chr12	26074631	T-C	HET
SBS	Chr12	9060402	C-T	HET
SBS	Chr2	13456822	G-C	HOMO
SBS	Chr2	6968569	A-G	HOMO
SBS	Chr3	1755265	C-T	HET
SBS	Chr3	18876641	A-G	HET
SBS	Chr3	18995749	G-A	HOMO
SBS	Chr3	23726920	T-G	HOMO
SBS	Chr3	26616426	G-A	HET
SBS	Chr3	30907744	C-T	HET
SBS	Chr3	31985778	G-A	HET
SBS	Chr4	10911247	T-A	HET
SBS	Chr4	16959374	T-C	HOMO
SBS	Chr4	18296499	G-A	HET
SBS	Chr4	20492434	T-A	HET
SBS	Chr4	21549064	G-A	HOMO
SBS	Chr4	8417654	G-A	HET
SBS	Chr4	8435154	G-A	HET
SBS	Chr5	12423202	T-G	HET
SBS	Chr5	14225394	C-T	HET
SBS	Chr5	16086658	T-C	HET
SBS	Chr5	24619746	A-T	HET
SBS	Chr5	2673870	A-T	HET
SBS	Chr5	29406903	G-T	HET
SBS	Chr5	4002222	G-A	HET
SBS	Chr5	9382159	C-A	HET
SBS	Chr6	11422635	G-A	HET
SBS	Chr6	12245221	C-T	HET	LOC_Os06g21190
SBS	Chr6	23046271	A-G	HET	LOC_Os06g38820
SBS	Chr6	29328726	G-C	HET
SBS	Chr6	7083897	G-A	HET
SBS	Chr7	10354908	C-A	HET	LOC_Os07g17520
SBS	Chr7	14438217	G-A	HET
SBS	Chr7	20282152	A-C	HET
SBS	Chr7	23502920	T-G	HET
SBS	Chr7	859458	C-T	HET	LOC_Os07g02480
SBS	Chr8	17633398	G-T	HET
SBS	Chr8	22455166	T-C	HET
SBS	Chr8	3078451	G-T	HOMO
SBS	Chr9	13052172	C-G	HET
SBS	Chr9	17037837	T-C	HET
SBS	Chr9	20126323	A-T	HET
SBS	Chr9	4966956	C-T	HET
SBS	Chr9	5335969	A-T	HET
SBS	Chr9	727111	A-G	HET

Deletions: 35

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	337001	385000	48000	9
Deletion	Chr7	393001	451000	58000	12
Deletion	Chr4	579246	579246	1
Deletion	Chr10	1572764	1572764	1
Deletion	Chr5	1947464	1947464	1	LOC_Os05g04290
Deletion	Chr8	4041630	4041630	1
Deletion	Chr12	4126421	4126422	2
Deletion	Chr12	5013523	5013523	1
Deletion	Chr8	6447952	6447952	1
Deletion	Chr7	6531911	6531926	16	LOC_Os07g11800
Deletion	Chr4	7414576	7414576	1
Deletion	Chr5	8565749	8565749	1
Deletion	Chr6	8997060	8997062	3
Deletion	Chr6	9030913	9030927	15
Deletion	Chr11	12103885	12103885	1
Deletion	Chr5	12606746	12606746	1
Deletion	Chr4	12776967	12777052	86	LOC_Os04g22570
Deletion	Chr7	13231445	13231451	7
Deletion	Chr11	15834886	15834887	2
Deletion	Chr11	16610641	16610641	1
Deletion	Chr3	16791793	16791793	1
Deletion	Chr12	16938190	16938191	2	LOC_Os12g28650
Deletion	Chr7	18405772	18405772	1
Deletion	Chr7	18701222	18701223	2
Deletion	Chr12	20202979	20202981	3
Deletion	Chr7	25473711	25473712	2
Deletion	Chr3	25534846	25534922	77
Deletion	Chr3	26504104	26504104	1
Deletion	Chr1	27436600	27436600	1
Deletion	Chr1	27554217	27554224	8
Deletion	Chr5	27816043	27816070	28
Deletion	Chr7	29530805	29530820	16
Deletion	Chr2	30531459	30531459	1
Deletion	Chr2	32366555	32366555	1
Deletion	Chr4	32920734	32920734	1

Insertions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	21091813	21091814	2
Insertion	Chr1	27178202	27178202	1
Insertion	Chr10	11710104	11710104	1
Insertion	Chr10	15127791	15127791	1
Insertion	Chr11	12110713	12110760	48
Insertion	Chr11	12120590	12120628	39
Insertion	Chr11	12603787	12603788	2
Insertion	Chr11	23685873	23685876	4
Insertion	Chr12	19010696	19010699	4
Insertion	Chr2	17551991	17551991	1
Insertion	Chr2	18667295	18667295	1	LOC_Os02g31170
Insertion	Chr2	29157404	29157404	1
Insertion	Chr2	4183671	4183671	1
Insertion	Chr2	9362204	9362204	1
Insertion	Chr3	18285652	18285655	4
Insertion	Chr3	21602125	21602126	2
Insertion	Chr3	35565697	35565697	1
Insertion	Chr4	26874655	26874656	2
Insertion	Chr5	25939881	25939881	1
Insertion	Chr5	9484996	9484996	1
Insertion	Chr6	30293361	30293362	2
Insertion	Chr7	11917877	11917891	15	LOC_Os07g20620
Insertion	Chr8	25744699	25744700	2
Insertion	Chr8	792897	792897	1
Insertion	Chr9	14032158	14032158	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	18774713	18774931

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	15002345	Chr1	12195369
Translocation	Chr3	15002352	Chr1	12185269	LOC_Os01g21710
Translocation	Chr5	20368982	Chr1	39261929

Main menu