Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4758-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4758-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 74

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	11752203	C-A	HOMO
SBS	Chr1	20409924	A-G	HOMO
SBS	Chr1	27199896	C-T	HET	LOC_Os01g47560
SBS	Chr1	31759789	G-A	HET
SBS	Chr1	3617099	C-T	HET	LOC_Os01g07550
SBS	Chr1	3905569	T-A	HOMO
SBS	Chr1	9493305	C-T	HET
SBS	Chr10	19493875	C-T	HET	LOC_Os10g36430
SBS	Chr10	20431621	A-T	HET
SBS	Chr10	3503992	G-A	HET
SBS	Chr10	3799063	A-T	HET
SBS	Chr10	5628132	C-T	HET
SBS	Chr11	15220400	C-T	HET
SBS	Chr11	16760171	G-A	HET
SBS	Chr11	25311462	C-T	HOMO
SBS	Chr11	25484041	G-A	HOMO	LOC_Os11g42320
SBS	Chr11	3075001	C-T	HET
SBS	Chr11	8823449	C-T	HET
SBS	Chr11	9541791	G-A	HET
SBS	Chr12	11842866	G-A	HET
SBS	Chr12	13551380	T-A	HET
SBS	Chr12	13551381	T-A	HET
SBS	Chr12	14273485	C-T	HET
SBS	Chr12	14777503	A-G	HET
SBS	Chr12	20686761	G-A	HET
SBS	Chr12	26985804	C-T	HET
SBS	Chr2	19478153	T-A	HET
SBS	Chr2	20493358	A-T	HET
SBS	Chr2	30968402	C-A	HET
SBS	Chr2	31454235	T-C	HET
SBS	Chr3	11205504	G-A	HET
SBS	Chr3	13939450	C-A	HET
SBS	Chr3	19788113	A-T	HET
SBS	Chr3	24490428	G-A	HET
SBS	Chr3	28019409	A-G	HET
SBS	Chr3	34004044	C-A	HET
SBS	Chr4	12521024	C-A	HET	LOC_Os04g22100
SBS	Chr4	16161856	C-T	HET
SBS	Chr4	16944905	G-A	HET
SBS	Chr4	17648547	T-C	HOMO	LOC_Os04g29650
SBS	Chr4	17888899	G-A	HOMO
SBS	Chr4	1811410	C-T	HET
SBS	Chr4	1811414	G-T	HET
SBS	Chr4	21057798	G-A	HOMO
SBS	Chr4	21905692	T-A	HOMO
SBS	Chr4	23225055	G-T	HOMO
SBS	Chr4	34964977	T-C	HET
SBS	Chr4	8328965	C-A	HET
SBS	Chr4	9873615	C-A	HET
SBS	Chr5	11687385	C-T	HET	LOC_Os05g19990
SBS	Chr5	21600189	G-T	HET
SBS	Chr5	21621562	C-T	HET
SBS	Chr5	24143510	G-T	HET
SBS	Chr5	2681614	G-A	HET
SBS	Chr5	3302259	T-A	HET
SBS	Chr5	6202477	T-A	HET
SBS	Chr5	7365611	G-T	HET
SBS	Chr5	9541120	T-A	HET
SBS	Chr6	14270898	C-T	HOMO
SBS	Chr6	20822813	A-G	HET
SBS	Chr6	26674848	G-T	HOMO
SBS	Chr6	5194423	A-T	HET
SBS	Chr6	6702612	A-G	HET
SBS	Chr7	10314299	G-A	HET
SBS	Chr7	1064925	C-T	HET
SBS	Chr7	12625680	G-A	HET
SBS	Chr7	16615279	T-C	HET
SBS	Chr7	4687855	G-T	HET
SBS	Chr8	13300224	C-A	HET
SBS	Chr8	21260287	G-A	HET	LOC_Os08g33950
SBS	Chr8	2476135	T-C	HET
SBS	Chr8	7333694	G-A	HET
SBS	Chr9	13204475	C-T	HET
SBS	Chr9	13267087	A-T	HET

Deletions: 37

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	185398	185398	1
Deletion	Chr10	768788	768788	1
Deletion	Chr6	1571398	1571406	9
Deletion	Chr4	2987307	2987322	16
Deletion	Chr5	4201001	4546000	345000	52
Deletion	Chr5	4507891	4507891	1
Deletion	Chr9	4513398	4513398	1	LOC_Os09g08630
Deletion	Chr8	6526571	6526574	4
Deletion	Chr11	7596001	7682000	86000	11
Deletion	Chr11	7692001	7844000	152000	19
Deletion	Chr11	7849001	8414000	565000	83
Deletion	Chr11	8415001	8428000	13000	2
Deletion	Chr11	8435001	8511000	76000	15
Deletion	Chr5	9704337	9704337	1
Deletion	Chr5	9894684	9894684	1
Deletion	Chr8	10350542	10350542	1
Deletion	Chr8	10382955	10382955	1
Deletion	Chr9	12954529	12954532	4
Deletion	Chr5	13098204	13098210	7
Deletion	Chr9	14313214	14313214	1
Deletion	Chr2	15864435	15864435	1
Deletion	Chr1	16367345	16367346	2
Deletion	Chr2	17938541	17938541	1
Deletion	Chr5	20844486	20844486	1
Deletion	Chr10	20975571	20975574	4
Deletion	Chr5	21096927	21096928	2
Deletion	Chr9	22681727	22681727	1
Deletion	Chr5	22743065	22743074	10
Deletion	Chr4	23222958	23222958	1
Deletion	Chr1	24736563	24736565	3
Deletion	Chr1	25136150	25136154	5	LOC_Os01g43870
Deletion	Chr2	25530970	25530974	5
Deletion	Chr7	28050984	28050991	8
Deletion	Chr1	28376017	28376020	4
Deletion	Chr7	29696789	29696832	44
Deletion	Chr2	30935224	30935224	1
Deletion	Chr2	32216566	32216570	5

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	18336711	18336826	116
Insertion	Chr11	1998321	1998322	2
Insertion	Chr11	20143255	20143256	2
Insertion	Chr11	25983201	25983201	1
Insertion	Chr12	13921592	13921594	3
Insertion	Chr2	2937606	2937606	1
Insertion	Chr2	35176583	35176583	1
Insertion	Chr3	27940065	27940074	10
Insertion	Chr4	26511898	26511899	2
Insertion	Chr4	27771554	27771554	1
Insertion	Chr5	15490219	15490222	4
Insertion	Chr7	20608444	20608444	1
Insertion	Chr9	12711227	12711227	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	6600728	7334164	LOC_Os12g13170
Inversion	Chr11	8712627	9640238

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	7333622	Chr7	22722333	LOC_Os12g13170
Translocation	Chr12	7334156	Chr7	22722338	LOC_Os12g13170
Translocation	Chr11	8548490	Chr3	2904210	LOC_Os11g15170

Main menu

You are here

Search Nipponbare