Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20187439	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	22915350	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	26391738	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	26578676	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	42961648	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	18196213	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g31220
SBS	Chr11	9829555	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g17620
SBS	Chr12	1087258	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12739421	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	1372069	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr12	15134199	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	22362400	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr12	3358168	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	14643479	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14643480	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	2481961	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	29368572	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32047420	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	5704334	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	68919	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20073247	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g36180
SBS	Chr3	23655335	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	25049115	T-C	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os03g44500
SBS	Chr3	3279684	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19638473	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	25834734	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	7377208	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	27918406	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7780412	T-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os06g13970
SBS	Chr7	14393382	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	8991903	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	6122885	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	14974403	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	1810465	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	18621236	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	18621238	G-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	3135870	3135882	12	LOC_Os09g06600
Deletion	Chr10	5927001	5927013	12
Deletion	Chr1	7157240	7157241	1
Deletion	Chr1	10531091	10531099	8
Deletion	Chr6	10879436	10879442	6
Deletion	Chr6	13872267	13872306	39
Deletion	Chr9	15561341	15561343	2
Deletion	Chr3	16798084	16798089	5
Deletion	Chr10	17854405	17854410	5
Deletion	Chr7	18510272	18510278	6	LOC_Os07g31270
Deletion	Chr4	20171915	20171921	6
Deletion	Chr4	22061337	22061338	1
Deletion	Chr4	23614845	23616886	2041	LOC_Os04g39629
Deletion	Chr5	26436267	26436277	10
Deletion	Chr6	27613282	27613306	24
Deletion	Chr1	37968955	37968960	5	LOC_Os01g65420

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	26038899	26038900	2
Insertion	Chr7	22241223	22241224	2
Insertion	Chr7	28354245	28354246	2
Insertion	Chr8	20289288	20289290	3

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	3153071	3286033
Inversion	Chr6	3153124	3286035
Inversion	Chr1	15189153	15190722
Inversion	Chr3	18761511	18937344
Inversion	Chr2	20602371	20715525
Inversion	Chr2	20716200	22807021	LOC_Os02g37800
Inversion	Chr2	34833566	34940387	LOC_Os02g57060

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3903054	Chr7	2280249
Translocation	Chr8	4978557	Chr2	33277962	2
Translocation	Chr10	14497407	Chr3	14627356
Translocation	Chr10	14497453	Chr3	14630948
Translocation	Chr8	23571708	Chr2	22892647	LOC_Os02g37880
Translocation	Chr8	23571710	Chr2	22894433	LOC_Os02g37880
Translocation	Chr4	23616880	Chr2	20602397	LOC_Os04g39629
Translocation	Chr11	25331002	Chr2	2430969
Translocation	Chr5	26507044	Chr2	34833571

Main menu