Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4769-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4769-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 72

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	23656462	A-T	HET
SBS	Chr1	2850991	G-A	HOMO
SBS	Chr1	31535788	T-G	HOMO	LOC_Os01g54830
SBS	Chr1	33985559	G-T	HET
SBS	Chr1	33985560	C-T	HET
SBS	Chr1	37749790	G-T	HET
SBS	Chr1	42329271	T-A	HET
SBS	Chr10	18755173	A-T	HET
SBS	Chr10	19692534	G-A	HET
SBS	Chr10	2684884	C-G	HOMO
SBS	Chr11	10597464	C-T	HET
SBS	Chr11	18559100	G-T	HET
SBS	Chr11	24907956	G-A	HET	LOC_Os11g41530
SBS	Chr11	4120654	A-T	HET
SBS	Chr12	18892097	T-C	HOMO
SBS	Chr12	26242539	C-A	HET
SBS	Chr12	5216396	G-T	HET
SBS	Chr2	11133387	C-T	HET
SBS	Chr2	22541250	C-T	HET	LOC_Os02g37270
SBS	Chr2	22541253	C-A	HET	LOC_Os02g37270
SBS	Chr2	30840332	G-A	HET
SBS	Chr2	9979356	A-G	HET
SBS	Chr3	13453571	C-T	HET
SBS	Chr3	21943308	G-A	HET
SBS	Chr3	24465542	C-T	HET
SBS	Chr3	34121922	T-C	HET
SBS	Chr3	35913864	C-G	HET
SBS	Chr3	4245161	C-T	HET
SBS	Chr3	8406048	A-T	HET
SBS	Chr3	8853216	G-C	HET
SBS	Chr3	9513718	G-T	HET
SBS	Chr4	12846419	C-A	HET
SBS	Chr4	14014925	G-T	HET
SBS	Chr4	15086318	G-C	HET
SBS	Chr4	23103850	C-A	HET
SBS	Chr4	25273911	A-T	HET
SBS	Chr4	27014776	G-C	HET
SBS	Chr4	33119528	A-G	HOMO
SBS	Chr4	33469095	T-A	HOMO
SBS	Chr4	6009831	A-T	HET
SBS	Chr5	14730182	C-A	HET
SBS	Chr5	17614737	T-C	HET
SBS	Chr5	18309033	T-C	HET
SBS	Chr5	23888972	A-C	HET
SBS	Chr5	25880448	G-T	HET
SBS	Chr5	26607133	C-T	HET
SBS	Chr5	8644403	G-T	HET
SBS	Chr5	8644404	C-T	HET
SBS	Chr6	28614718	G-T	HET
SBS	Chr6	28614719	A-C	HET
SBS	Chr6	30517096	C-T	HOMO
SBS	Chr6	5472367	C-T	HET
SBS	Chr6	5748404	C-T	HOMO
SBS	Chr6	9538736	G-C	HET
SBS	Chr7	17918494	G-A	HET	LOC_Os07g30310
SBS	Chr7	658564	T-G	HOMO
SBS	Chr8	12613846	T-A	HOMO	LOC_Os08g21110
SBS	Chr8	16709697	G-A	HET	LOC_Os08g27360
SBS	Chr8	19631973	A-G	HET
SBS	Chr8	22050122	G-A	HET
SBS	Chr8	22525585	C-G	HET
SBS	Chr8	4923119	C-T	HET
SBS	Chr8	9976308	C-T	HET
SBS	Chr9	10250276	A-T	HET
SBS	Chr9	13520400	G-A	HET
SBS	Chr9	17006297	T-A	HET
SBS	Chr9	4237917	C-T	HOMO
SBS	Chr9	4308627	T-G	HET
SBS	Chr9	4308633	A-G	HET
SBS	Chr9	7497508	C-T	HET
SBS	Chr9	8334567	C-T	HET	LOC_Os09g14080
SBS	Chr9	9353758	T-A	HET

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	92058	92058	1
Deletion	Chr7	314092	314093	2
Deletion	Chr3	4013335	4013335	1
Deletion	Chr1	5761289	5761289	1
Deletion	Chr9	6887630	6887635	6
Deletion	Chr6	7084528	7084529	2
Deletion	Chr9	7125885	7125885	1
Deletion	Chr11	11112871	11112876	6
Deletion	Chr1	11195203	11195262	60
Deletion	Chr7	12229807	12229807	1
Deletion	Chr2	12332722	12332722	1
Deletion	Chr2	12387445	12387445	1
Deletion	Chr3	13432600	13432603	4
Deletion	Chr12	13440777	13440777	1
Deletion	Chr6	13580857	13580861	5	LOC_Os06g23260
Deletion	Chr8	16649140	16649157	18
Deletion	Chr1	16923019	16923184	166
Deletion	Chr9	17779354	17779354	1
Deletion	Chr7	18129001	18137000	8000	3
Deletion	Chr7	18141001	18155000	14000	2
Deletion	Chr1	18277015	18277038	24
Deletion	Chr4	23667291	23667291	1	LOC_Os04g39710
Deletion	Chr2	24386060	24386123	64
Deletion	Chr12	24694001	24709000	15000	3
Deletion	Chr7	27748554	27748554	1
Deletion	Chr2	28799582	28799600	19
Deletion	Chr3	34122819	34122819	1
Deletion	Chr1	35184572	35184589	18

Insertions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	1402109	1402109	1
Insertion	Chr11	21980352	21980352	1
Insertion	Chr11	26895750	26895751	2
Insertion	Chr11	5321455	5321562	108
Insertion	Chr11	7385766	7385889	124
Insertion	Chr12	16305149	16305149	1
Insertion	Chr2	16768061	16768152	92
Insertion	Chr3	6762231	6762232	2
Insertion	Chr4	11954462	11954466	5
Insertion	Chr4	19532391	19532391	1
Insertion	Chr4	3332318	3332319	2
Insertion	Chr5	1327561	1327566	6
Insertion	Chr5	4446139	4446139	1
Insertion	Chr5	5203784	5203805	22
Insertion	Chr6	22348696	22348748	53
Insertion	Chr8	14368276	14368278	3
Insertion	Chr9	22011486	22011486	1
Insertion	Chr9	22367053	22367053	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	4215128	4907356	2
Inversion	Chr1	4215134	4907364	2
Inversion	Chr6	4382549	4850223	2
Inversion	Chr1	39486153	39486286

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	4382536	Chr3	17062480	2
Translocation	Chr6	4850222	Chr3	17068335	2
Translocation	Chr8	5822110	Chr5	18605710	LOC_Os05g31940
Translocation	Chr8	5836421	Chr5	18605744	LOC_Os05g31940
Translocation	Chr9	6788427	Chr3	5133173
Translocation	Chr9	7748563	Chr3	5134246
Translocation	Chr11	10852750	Chr7	18129439	LOC_Os07g30630
Translocation	Chr11	10852756	Chr7	18129186
Translocation	Chr12	25600717	Chr8	3310433	2
Translocation	Chr12	26699113	Chr8	3310421	LOC_Os08g06060
Translocation	Chr4	34397354	Chr2	30120625	LOC_Os04g57750
Translocation	Chr4	34397366	Chr2	30120608	LOC_Os04g57750

Main menu

You are here

Search Nipponbare