Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	22573013	A-G	HOMO
SBS	Chr1	27584662	G-C	HOMO
SBS	Chr1	3891022	T-C	HET
SBS	Chr1	39316603	A-G	HET
SBS	Chr1	6813146	C-T	HOMO
SBS	Chr1	8503494	G-A	HET
SBS	Chr10	12213495	G-A	HET
SBS	Chr10	16434838	A-G	HET
SBS	Chr10	16578156	G-T	HET
SBS	Chr10	17885322	G-A	HET
SBS	Chr10	20288061	C-A	HET
SBS	Chr10	8966468	C-T	HET
SBS	Chr11	23886072	T-G	HOMO	LOC_Os11g40060
SBS	Chr11	23886073	G-T	HOMO	LOC_Os11g40060
SBS	Chr11	3687809	A-T	HET
SBS	Chr11	3849071	T-A	HOMO
SBS	Chr12	16372343	C-G	HET
SBS	Chr12	19621905	T-C	HET
SBS	Chr12	21847873	G-A	HET
SBS	Chr12	22160796	G-T	HET
SBS	Chr12	5069291	G-A	HET
SBS	Chr12	9957165	G-A	HET
SBS	Chr2	1290922	A-G	HET
SBS	Chr2	13114390	G-T	HET	LOC_Os02g22050
SBS	Chr2	25251106	G-A	HET
SBS	Chr2	25879251	G-A	HET
SBS	Chr2	25879252	C-A	HET
SBS	Chr2	29663435	A-G	HET
SBS	Chr2	34566539	A-T	HOMO
SBS	Chr3	11234075	G-T	HET
SBS	Chr3	9291157	G-A	HET
SBS	Chr4	16675632	G-A	HET
SBS	Chr4	22072944	G-A	HOMO
SBS	Chr4	31444407	T-A	HET
SBS	Chr4	34283325	T-C	HET
SBS	Chr4	3537650	G-A	HOMO	LOC_Os04g06710
SBS	Chr5	1295766	T-C	HET
SBS	Chr5	14408511	C-T	HOMO
SBS	Chr5	3279113	G-A	HET
SBS	Chr6	1641835	C-A	HET
SBS	Chr6	21122567	T-A	HET
SBS	Chr6	4601856	G-T	HET
SBS	Chr7	10055348	C-T	HET
SBS	Chr7	10604196	G-A	HET
SBS	Chr7	17505771	T-C	HOMO
SBS	Chr7	22332045	T-C	HET
SBS	Chr7	26598288	C-T	HET	LOC_Os07g44540
SBS	Chr7	9952231	C-T	HET
SBS	Chr8	10250129	C-G	HET	LOC_Os08g16760
SBS	Chr8	10877860	A-G	HET
SBS	Chr8	13109928	T-C	HET
SBS	Chr8	17268427	C-T	HET	LOC_Os08g28290
SBS	Chr8	2703791	A-G	HOMO
SBS	Chr8	8528906	C-G	HET
SBS	Chr9	12158571	T-C	HET
SBS	Chr9	12199977	C-A	HET
SBS	Chr9	14633221	C-A	HET
SBS	Chr9	8272380	C-T	HET

Deletions: 36

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	878276	878282	7	LOC_Os02g02480
Deletion	Chr12	1042621	1042621	1
Deletion	Chr2	2001562	2001562	1
Deletion	Chr7	3649756	3649767	12
Deletion	Chr2	5768888	5768895	8
Deletion	Chr8	6295688	6295699	12
Deletion	Chr10	6937001	6965000	28000	3
Deletion	Chr7	7342599	7342600	2
Deletion	Chr9	8373441	8373517	77
Deletion	Chr5	9487554	9487564	11	LOC_Os05g16690
Deletion	Chr5	9555567	9555570	4
Deletion	Chr10	10020538	10020540	3
Deletion	Chr12	10206001	10220000	14000	3
Deletion	Chr5	12701484	12701485	2
Deletion	Chr9	12739741	12739757	17
Deletion	Chr1	12888626	12888626	1
Deletion	Chr4	13041511	13041526	16	LOC_Os04g22980
Deletion	Chr4	14517171	14517171	1
Deletion	Chr3	16011585	16011675	91
Deletion	Chr4	16972491	16972585	95
Deletion	Chr11	17247728	17247728	1	LOC_Os11g29730
Deletion	Chr1	19767140	19767156	17
Deletion	Chr6	20738877	20738877	1
Deletion	Chr7	21019633	21019633	1
Deletion	Chr1	22797654	22797656	3	LOC_Os01g40380
Deletion	Chr2	23351742	23351743	2
Deletion	Chr2	25378467	25378468	2
Deletion	Chr4	25996161	25996161	1
Deletion	Chr4	26159001	26242000	83000	13
Deletion	Chr8	26181648	26181648	1
Deletion	Chr1	27741130	27741130	1
Deletion	Chr6	28142268	28142272	5
Deletion	Chr1	29642922	29642927	6
Deletion	Chr4	34348001	34492000	144000	21
Deletion	Chr1	38937310	38937310	1
Deletion	Chr1	41891517	41891518	2

Insertions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	23674713	23674713	1
Insertion	Chr11	26799973	26799974	2
Insertion	Chr11	8175197	8175202	6
Insertion	Chr12	15228442	15228455	14	LOC_Os12g26140
Insertion	Chr12	17778155	17778160	6
Insertion	Chr12	20691683	20691685	3
Insertion	Chr12	5163967	5163975	9
Insertion	Chr12	7456544	7456546	3
Insertion	Chr2	14715551	14715551	1
Insertion	Chr2	17799163	17799163	1	LOC_Os02g29950
Insertion	Chr4	26478459	26478459	1
Insertion	Chr5	10443556	10443556	1
Insertion	Chr5	21421086	21421167	82
Insertion	Chr5	5204018	5204039	22
Insertion	Chr6	2854139	2854156	18
Insertion	Chr6	30234244	30234244	1
Insertion	Chr7	23972585	23972585	1
Insertion	Chr8	9472945	9472945	1	LOC_Os08g15580
Insertion	Chr9	15967115	15967115	1
Insertion	Chr9	19195883	19195885	3

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	14447726	15113751
Inversion	Chr3	14447728	15113748
Inversion	Chr4	26158850	26757608	LOC_Os04g44190
Inversion	Chr4	26241778	26757619

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr10	6756980	Chr4	18465313
Translocation	Chr10	6757384	Chr4	18465303
Translocation	Chr3	10637213	Chr2	15315086

Main menu