Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4830-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4830-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 80

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	14788575	T-G	HET
SBS	Chr1	16831129	C-T	HET
SBS	Chr1	20146103	C-T	HET	LOC_Os01g36330
SBS	Chr1	26681075	G-T	HOMO
SBS	Chr1	31026227	G-T	HET	LOC_Os01g53960
SBS	Chr1	31026335	C-G	HET	LOC_Os01g53960
SBS	Chr1	4676746	A-G	HET
SBS	Chr1	4704165	G-A	HET
SBS	Chr1	4704166	A-T	HET
SBS	Chr1	5882291	C-T	HET
SBS	Chr1	8550017	A-T	HET
SBS	Chr10	10107117	C-T	HET
SBS	Chr10	20074557	A-T	HOMO
SBS	Chr11	14571339	A-T	HET
SBS	Chr11	16132345	G-A	HET	LOC_Os11g28065
SBS	Chr11	18809019	G-T	HET
SBS	Chr11	24009197	G-A	HET
SBS	Chr11	24801499	C-A	HET
SBS	Chr11	4003150	G-A	HET
SBS	Chr11	4344569	G-A	HET
SBS	Chr11	8901629	C-G	HET
SBS	Chr12	13256583	G-T	HOMO	LOC_Os12g23440
SBS	Chr12	13976209	A-C	HOMO
SBS	Chr12	15486532	C-T	HET
SBS	Chr2	10728936	C-A	HET
SBS	Chr2	1426275	C-T	HET
SBS	Chr2	16842921	C-T	HET
SBS	Chr3	13341463	C-A	HET
SBS	Chr3	13428478	G-C	HOMO
SBS	Chr4	10578278	G-T	HOMO
SBS	Chr4	12716434	A-C	HET
SBS	Chr4	22313815	G-A	HET
SBS	Chr4	24325285	C-T	HET
SBS	Chr4	2514056	C-T	HET
SBS	Chr4	2780814	A-G	HET
SBS	Chr4	3002231	G-C	HOMO
SBS	Chr4	8934072	G-A	HOMO
SBS	Chr5	10358831	C-T	HET
SBS	Chr5	13919802	G-A	HET
SBS	Chr5	16139390	A-T	HET
SBS	Chr5	16139391	A-T	HET
SBS	Chr5	16139392	C-T	HET
SBS	Chr5	20086747	T-C	HET	LOC_Os05g34000
SBS	Chr5	20374033	T-C	HET
SBS	Chr5	27314857	C-T	HET
SBS	Chr5	27515232	G-T	HET
SBS	Chr5	29070678	A-T	HET
SBS	Chr5	29098231	A-G	HET
SBS	Chr5	433498	G-T	HET
SBS	Chr5	6338151	G-T	HET
SBS	Chr5	9240040	G-A	HET
SBS	Chr5	9588183	C-A	HET
SBS	Chr6	14004877	A-G	HET
SBS	Chr6	153959	C-T	HET
SBS	Chr6	17630646	A-T	HET
SBS	Chr6	2355400	A-G	HET
SBS	Chr6	24755615	A-T	HOMO	LOC_Os06g41340
SBS	Chr6	26356727	A-T	HET
SBS	Chr6	27851843	C-A	HET
SBS	Chr6	9693933	C-T	HET
SBS	Chr7	10835794	G-A	HET
SBS	Chr7	12520030	G-C	HET
SBS	Chr7	13485533	G-A	HET
SBS	Chr7	14105838	G-A	HET
SBS	Chr7	14115643	A-T	HET
SBS	Chr7	17157681	G-A	HET
SBS	Chr7	18960311	C-T	HET
SBS	Chr7	20923497	C-T	HOMO
SBS	Chr7	22633192	A-C	HET
SBS	Chr7	27614182	C-G	HET
SBS	Chr7	6489860	T-A	HET
SBS	Chr7	9505427	G-A	HET
SBS	Chr8	17255192	A-T	HET
SBS	Chr8	1791463	G-T	HOMO
SBS	Chr8	22488662	G-A	HET
SBS	Chr8	9580750	G-T	HET
SBS	Chr9	22119790	A-C	HET	LOC_Os09g38420
SBS	Chr9	22395327	T-A	HET
SBS	Chr9	4249781	A-G	HET
SBS	Chr9	9519497	C-T	HOMO

Deletions: 33

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1727906	1727910	5
Deletion	Chr10	3167174	3167174	1
Deletion	Chr11	3444815	3444824	10
Deletion	Chr2	3534076	3534076	1
Deletion	Chr7	3541334	3541335	2
Deletion	Chr10	4149721	4149729	9
Deletion	Chr7	5693595	5693598	4
Deletion	Chr4	6599803	6599808	6
Deletion	Chr11	7034527	7034595	69
Deletion	Chr9	7607388	7607389	2
Deletion	Chr6	10356001	10381000	25000	5
Deletion	Chr7	10700635	10700639	5	LOC_Os07g18090
Deletion	Chr4	11441750	11441750	1
Deletion	Chr12	11643180	11643181	2
Deletion	Chr5	13633429	13633429	1
Deletion	Chr12	15579584	15579587	4
Deletion	Chr9	16430251	16430251	1
Deletion	Chr7	16840817	16840819	3
Deletion	Chr10	17566639	17566640	2	LOC_Os10g33370
Deletion	Chr8	17728546	17728546	1
Deletion	Chr7	18516635	18516635	1
Deletion	Chr9	18584401	18584404	4
Deletion	Chr3	20213756	20213756	1
Deletion	Chr5	20548001	20971000	423000	65
Deletion	Chr5	20974001	21188000	214000	32
Deletion	Chr5	21189001	21217000	28000	7
Deletion	Chr8	21322622	21322629	8
Deletion	Chr3	21482058	21482058	1
Deletion	Chr2	23196206	23196206	1
Deletion	Chr11	23296001	23319000	23000	4
Deletion	Chr6	26077413	26077421	9
Deletion	Chr11	28127626	28127638	13
Deletion	Chr4	35169186	35169186	1

Insertions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	10202042	10202066	25
Insertion	Chr10	7832036	7832036	1
Insertion	Chr11	1032498	1032498	1
Insertion	Chr11	22038204	22038241	38
Insertion	Chr12	13127733	13127819	87
Insertion	Chr12	18823206	18823206	1
Insertion	Chr12	19594622	19594622	1
Insertion	Chr12	6696725	6696728	4
Insertion	Chr2	24724897	24724897	1	LOC_Os02g40800
Insertion	Chr2	26485504	26485527	24
Insertion	Chr3	10210696	10210696	1
Insertion	Chr4	18243808	18243808	1
Insertion	Chr5	12191282	12191282	1
Insertion	Chr5	14538615	14538615	1
Insertion	Chr6	21361978	21361979	2
Insertion	Chr6	29482445	29482454	10
Insertion	Chr7	14761353	14761353	1
Insertion	Chr7	19865023	19865023	1
Insertion	Chr7	21015617	21015658	42
Insertion	Chr7	8579599	8579599	1
Insertion	Chr8	14963138	14963138	1
Insertion	Chr8	2334689	2334690	2
Insertion	Chr8	5199709	5199712	4
Insertion	Chr8	5908018	5908055	38
Insertion	Chr9	534523	534523	1	LOC_Os09g01770

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr12	4612249	4612477
Inversion	Chr9	6833086	6833270
Inversion	Chr1	18042774	18042935

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	8381937	Chr6	9640393
Translocation	Chr6	9230811	Chr5	20551752	2
Translocation	Chr5	20547783	Chr3	33126952
Translocation	Chr5	21505082	Chr3	33180356

Main menu

You are here

Search Nipponbare