Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN4845-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN4845-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 85

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Gene Affected
SBS	Chr1	13222124	C-T	HET	LOC_Os01g23540
SBS	Chr1	1831826	T-C	HET
SBS	Chr1	24671513	G-A	HET
SBS	Chr1	31959116	C-T	HET
SBS	Chr1	6618949	G-T	HET
SBS	Chr10	10461140	A-G	HET
SBS	Chr10	11441697	G-A	HET
SBS	Chr10	12115616	A-G	HET
SBS	Chr10	17316674	G-T	HOMO
SBS	Chr10	20124650	A-T	HET	LOC_Os10g37604
SBS	Chr10	21822128	C-A	HET
SBS	Chr10	3059979	G-A	HET
SBS	Chr10	9065477	A-G	HET
SBS	Chr11	16376706	T-C	HET
SBS	Chr11	17537347	A-G	HET
SBS	Chr11	21160800	T-C	HET
SBS	Chr11	25314231	G-A	HET
SBS	Chr11	3705733	G-T	HET
SBS	Chr11	9924612	G-A	HET
SBS	Chr12	11937727	G-T	HET
SBS	Chr12	15432984	G-T	HET
SBS	Chr12	16463665	T-C	HET
SBS	Chr12	2058313	G-C	HET
SBS	Chr12	3078053	T-A	HOMO
SBS	Chr12	4262419	G-A	HET
SBS	Chr12	8440746	C-T	HET
SBS	Chr2	12083330	A-G	HET
SBS	Chr2	13821200	T-A	HET
SBS	Chr2	17972921	T-C	HET
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET
SBS	Chr2	22380740	A-G	HET
SBS	Chr2	2320235	C-T	HET	LOC_Os02g04950
SBS	Chr2	28399251	T-C	HET
SBS	Chr2	33727840	G-A	HOMO
SBS	Chr2	33801362	G-A	HOMO
SBS	Chr2	35414235	A-T	HOMO
SBS	Chr2	4407144	A-G	HET
SBS	Chr3	1494418	A-T	HOMO
SBS	Chr3	18444767	G-C	HET
SBS	Chr3	20610261	C-T	HET
SBS	Chr3	31134757	C-T	HET
SBS	Chr3	6302297	A-G	HET
SBS	Chr3	7356020	A-G	HET
SBS	Chr4	16655039	G-A	HET
SBS	Chr4	22141205	G-T	HET
SBS	Chr4	22376508	C-T	HET
SBS	Chr4	23035788	G-A	HET
SBS	Chr4	26283105	A-T	HET
SBS	Chr4	28704899	C-T	HET
SBS	Chr4	31128991	G-T	HET	LOC_Os04g52390
SBS	Chr4	5544912	C-A	HOMO	LOC_Os04g10260
SBS	Chr5	16806780	G-T	HET
SBS	Chr5	18397732	G-T	HET	LOC_Os05g31610
SBS	Chr5	19205840	A-G	HET
SBS	Chr5	19757951	C-G	HET
SBS	Chr5	21962745	A-T	HET
SBS	Chr5	27425188	T-A	HET
SBS	Chr5	4140176	A-G	HET
SBS	Chr6	10596476	G-A	HET
SBS	Chr6	10627082	A-G	HET	LOC_Os06g18740
SBS	Chr6	24382654	A-G	HET
SBS	Chr6	2492258	G-A	HET
SBS	Chr6	26252930	A-G	HET
SBS	Chr6	28849502	A-T	HET
SBS	Chr6	839815	T-C	HET
SBS	Chr6	8595415	C-G	HET
SBS	Chr6	9694679	G-T	HET
SBS	Chr7	16165465	T-C	HET
SBS	Chr7	17596848	G-A	HET
SBS	Chr7	24412987	T-C	HET	LOC_Os07g40730
SBS	Chr7	24689020	C-A	HOMO
SBS	Chr7	29048013	C-A	HET
SBS	Chr7	3318673	T-C	HET
SBS	Chr7	8851208	T-A	HET
SBS	Chr8	10884871	G-A	HET
SBS	Chr8	21212740	T-C	HET
SBS	Chr8	22701182	G-A	HET
SBS	Chr8	4140081	G-A	HET
SBS	Chr8	6707773	A-G	HET	LOC_Os08g11440
SBS	Chr8	6713372	A-G	HET
SBS	Chr8	7562884	A-G	HET
SBS	Chr9	12833926	A-G	HET
SBS	Chr9	13152208	G-A	HET
SBS	Chr9	3617039	G-A	HET
SBS	Chr9	565733	C-A	HET	LOC_Os09g01820

Deletions: 32

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	3057946	3057950	5	LOC_Os06g06520
Deletion	Chr11	3720001	3820000	100000	13
Deletion	Chr4	4502112	4502130	19	LOC_Os04g08400
Deletion	Chr11	10364745	10364780	36
Deletion	Chr6	10675619	10675626	8
Deletion	Chr9	11401834	11401858	25
Deletion	Chr10	12144051	12144068	18
Deletion	Chr8	13314027	13314028	2
Deletion	Chr1	13572124	13572125	2
Deletion	Chr9	14015290	14015298	9
Deletion	Chr3	14406821	14406822	2
Deletion	Chr9	14591703	14591705	3
Deletion	Chr11	14750669	14750669	1
Deletion	Chr5	14857001	14979000	122000	16
Deletion	Chr5	14983001	15012000	29000	5
Deletion	Chr5	15020001	15299000	279000	54
Deletion	Chr8	15187354	15187354	1
Deletion	Chr5	15242768	15242768	1
Deletion	Chr10	15693974	15693983	10
Deletion	Chr4	19148211	19148211	1
Deletion	Chr1	19502352	19502352	1
Deletion	Chr4	20063531	20063538	8
Deletion	Chr4	20531276	20531277	2	LOC_Os04g33890
Deletion	Chr4	20675811	20675819	9
Deletion	Chr8	21372001	21470000	98000	16
Deletion	Chr5	23392001	23413000	21000	LOC_Os05g39830
Deletion	Chr4	28674175	28674186	12
Deletion	Chr6	30632753	30632753	1
Deletion	Chr3	31967520	31967520	1
Deletion	Chr2	32343067	32343076	10
Deletion	Chr1	38482784	38482786	3	LOC_Os01g66250
Deletion	Chr1	39147376	39147376	1

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	11085660	11085660	1
Insertion	Chr11	1907040	1907041	2
Insertion	Chr11	22265015	22265017	3
Insertion	Chr11	26735454	26735454	1
Insertion	Chr12	7813592	7813593	2
Insertion	Chr2	18638760	18638761	2
Insertion	Chr3	20443536	20443537	2
Insertion	Chr4	14911495	14911558	64
Insertion	Chr4	7379568	7379581	14
Insertion	Chr5	17036282	17036295	14
Insertion	Chr7	18272369	18272370	2
Insertion	Chr7	22439299	22439300	2	LOC_Os07g37470
Insertion	Chr9	7866765	7866766	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr2	3096140	3203715
Inversion	Chr2	3096146	3212882
Inversion	Chr2	9817785	9817962
Inversion	Chr4	21413951	21414163
Inversion	Chr8	21938491	22045099
Inversion	Chr8	22611882	22616414

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	16010702	Chr2	3212879
Translocation	Chr3	19507214	Chr1	29660799
Translocation	Chr3	19507487	Chr1	29660807	LOC_Os03g34270
Translocation	Chr8	21371761	Chr4	19313635	LOC_Os08g34090
Translocation	Chr8	21938490	Chr4	19315877
Translocation	Chr8	27333612	Chr1	3631781	LOC_Os08g43240
Translocation	Chr8	27333614	Chr1	3631781	LOC_Os08g43240

Main menu

You are here

Search Nipponbare