Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12510957	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr1	28436978	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	31632574	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	35331276	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7652722	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16594605	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4201234	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6972568	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	7692113	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr10	7692114	T-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr11	4366918	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19741952	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	2925034	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11713864	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15663755	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	25663570	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	28706955	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	29630060	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6922808	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20628684	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	36303762	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19857119	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	29288240	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	31773283	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10570179	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1212517	G-A	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os05g03080
SBS	Chr5	19974473	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23098329	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17493273	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17493274	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17493275	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	6049359	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	6049360	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	6656326	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	10170152	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	11248646	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13986314	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17178551	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3890823	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	6389530	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g11460

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	715647	715659	12	LOC_Os08g02140
Deletion	Chr9	1202591	1202600	9
Deletion	Chr4	3300925	3300926	1
Deletion	Chr8	3495549	3495551	2
Deletion	Chr8	5807231	5807297	66
Deletion	Chr3	7603422	7603429	7
Deletion	Chr10	7692855	7692863	8	LOC_Os10g14180
Deletion	Chr2	8457390	8457420	30
Deletion	Chr4	8788151	8788155	4	LOC_Os04g16180
Deletion	Chr9	10170782	10170785	3
Deletion	Chr11	10793987	10793994	7
Deletion	Chr11	10819986	10819987	1
Deletion	Chr11	11606675	11606679	4
Deletion	Chr1	13931442	13931443	1
Deletion	Chr1	15070504	15070510	6
Deletion	Chr3	15228154	15228160	6
Deletion	Chr3	17866859	17866862	3
Deletion	Chr12	20353980	20353981	1
Deletion	Chr4	23717422	23717424	2	LOC_Os04g39814
Deletion	Chr5	26485284	26485293	9
Deletion	Chr2	28898520	28898526	6
Deletion	Chr2	28938538	28938544	6	LOC_Os02g47400
Deletion	Chr1	32574631	32574632	1	LOC_Os01g56500

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	2713653	2713654	2
Insertion	Chr2	35526121	35526122	2
Insertion	Chr4	33224347	33224347	1
Insertion	Chr5	23141613	23141617	5
Insertion	Chr7	10304600	10304600	1
Insertion	Chr9	9495466	9495467	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	14813033	14820919
Inversion	Chr1	28231249	28325696	LOC_Os01g49280

No Translocation

Main menu