Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11047376	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	1590162	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g03780
SBS	Chr1	24565401	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr1	41739187	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	12398847	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	2086008	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	9131285	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	20862091	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g35580
SBS	Chr12	16156177	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	16156178	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	26063872	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12112065	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	27730661	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31219078	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32988724	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6228019	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7228817	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	15211412	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	487107	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	34248420	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	3490779	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10763663	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	12487683	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	30436203	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	10255522	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	13778195	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g24230
SBS	Chr7	1701214	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	20783800	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	27266193	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13777220	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	24688920	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	2630308	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	3073656	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	18624055	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4010583	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	891173	891175	2
Deletion	Chr11	2606967	2607010	43	LOC_Os11g05700
Deletion	Chr2	4493127	4493128	1
Deletion	Chr2	4973206	4973216	10
Deletion	Chr9	7759692	7759700	8
Deletion	Chr8	9184146	9184149	3
Deletion	Chr10	17560534	17560536	2
Deletion	Chr7	19385685	19385690	5
Deletion	Chr6	20418660	20418669	9
Deletion	Chr8	20766575	20766577	2
Deletion	Chr6	24234576	24234579	3	LOC_Os06g40650
Deletion	Chr8	24679756	24679758	2	LOC_Os08g39060
Deletion	Chr7	24718579	24718583	4
Deletion	Chr6	25320911	25320919	8
Deletion	Chr6	25395001	25452000	57000	8
Deletion	Chr1	28534982	28534983	1	LOC_Os01g49630
Deletion	Chr1	30005111	30005112	1
Deletion	Chr2	31817436	31817457	21
Deletion	Chr2	32796414	32796417	3
Deletion	Chr4	34248434	34248435	1
Deletion	Chr3	34508301	34508316	15	LOC_Os03g60720
Deletion	Chr4	34517057	34517061	4	LOC_Os04g57940
Deletion	Chr1	34902045	34902063	18

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	10958316	10958316	1
Insertion	Chr7	28111659	28111659	1
Insertion	Chr8	131623	131623	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	14658560	14709290	LOC_Os08g24370
Inversion	Chr7	18399408	18809404
Inversion	Chr6	25378040	25388712	LOC_Os06g42270
Inversion	Chr2	27656939	30574488	LOC_Os02g50040
Inversion	Chr2	27730899	30574486	LOC_Os02g50040

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	2634626	Chr7	24345706	LOC_Os07g40620
Translocation	Chr11	2634645	Chr7	24346004
Translocation	Chr10	9167693	Chr1	2332983	LOC_Os10g18080
Translocation	Chr10	9167699	Chr1	2330205	LOC_Os10g18080
Translocation	Chr8	14658591	Chr7	14162997	LOC_Os07g24910
Translocation	Chr8	14709295	Chr7	14166407	LOC_Os08g24370
Translocation	Chr11	18032334	Chr5	14982105	LOC_Os05g25750

Main menu