Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1568109	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g03730
SBS	Chr1	5267825	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	10556974	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	13027649	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4081801	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5619500	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g10214
SBS	Chr10	8537483	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	13137422	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	14605784	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25610
SBS	Chr11	17588804	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g30260
SBS	Chr11	27178687	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	5299755	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	8115628	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	17528563	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	18269558	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	18911086	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	24018585	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	24242495	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	1445012	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	1901061	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	3484076	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	35595145	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	9863238	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	25236122	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g43400
SBS	Chr6	15066808	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	22523595	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	30125245	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	3171910	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	3373274	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	3699470	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	407264	T-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	1065828	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	243316	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g01390
SBS	Chr7	2656638	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9387377	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16120
SBS	Chr8	22283208	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	3948926	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12981996	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5400444	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5400445	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	737526	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	4005759	4005766	7
Deletion	Chr8	4212658	4212659	1	LOC_Os08g07500
Deletion	Chr9	5194815	5194826	11
Deletion	Chr10	5607782	5607783	1
Deletion	Chr4	7664588	7664591	3
Deletion	Chr2	7927694	7927695	1
Deletion	Chr9	9485730	9485737	7
Deletion	Chr1	9565715	9565716	1
Deletion	Chr7	9989850	9989851	1
Deletion	Chr2	11601457	11601480	23
Deletion	Chr9	12228609	12228611	2
Deletion	Chr8	14177312	14177322	10
Deletion	Chr11	14442001	15121000	679000	97
Deletion	Chr12	14452634	14452646	12
Deletion	Chr3	17869113	17869115	2
Deletion	Chr4	18799652	18799662	10
Deletion	Chr5	21968429	21968433	4
Deletion	Chr9	22293001	22334000	41000	8
Deletion	Chr9	22342001	22623000	281000	42
Deletion	Chr4	23724001	23770000	46000	6
Deletion	Chr7	28182548	28182550	2	LOC_Os07g47130
Deletion	Chr7	28862112	28864192	2080	2
Deletion	Chr3	32870536	32870570	34
Deletion	Chr1	41181382	41181390	8

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	9425088	9425105	18
Insertion	Chr11	28281687	28281690	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	3788354	3842672
Inversion	Chr8	3842683	5699007

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	22623633	Chr7	28862126	2

Main menu