Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 36

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	26760468	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5077408	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	12206886	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	172771	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	2767119	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	12788717	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g22310
SBS	Chr11	7726348	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g13960
SBS	Chr12	13813340	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	22198542	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	27207326	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	22415819	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	2867217	T-C	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr2	30277452	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	22301972	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22301974	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	26796127	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	29733628	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16440737	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19950274	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26258120	C-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	28034425	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	30091908	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	14607903	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	17919389	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	13525600	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	10483236	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	25445365	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	25445368	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	28469355	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	6894587	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	21109574	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	3636888	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06474
SBS	Chr9	19820852	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g33590
SBS	Chr9	7083411	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	7259483	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	956648	T-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2774700	2774708	8
Deletion	Chr3	6906298	6906300	2
Deletion	Chr3	6963264	6963282	18
Deletion	Chr5	14607888	14607901	13
Deletion	Chr2	16200207	16200212	5
Deletion	Chr2	17918001	18013000	95000	13
Deletion	Chr5	18443973	18443974	1
Deletion	Chr2	19404940	19404948	8
Deletion	Chr5	22007001	22058000	51000	9
Deletion	Chr9	22529982	22529983	1
Deletion	Chr6	26759001	26803000	44000	8
Deletion	Chr2	28850849	28850851	2
Deletion	Chr1	30257717	30257718	1
Deletion	Chr3	34940961	34940968	7	LOC_Os03g61630

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	21795985	21795986	2
Insertion	Chr8	17037281	17037282	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	20443956	20549119

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	9350367	Chr1	18685174	2
Translocation	Chr6	14623557	Chr2	18013290	2
Translocation	Chr7	28618359	Chr1	25847638

Main menu