Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN819-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN819-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 55

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11385503	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	14637258	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	22493495	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	2575562	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	35127233	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	39924644	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40643922	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7423292	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7647463	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11472539	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1457402	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1895170	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	3949509	A-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	15527348	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	4549046	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	7374873	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	8330475	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	10143754	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11077420	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12544403	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	14298493	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	14778801	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	17175274	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	5405699	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9947097	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	8935679	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g15810
SBS	Chr3	10819536	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	15122900	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18324432	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19642338	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	3505491	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	3505492	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	10919951	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g19600
SBS	Chr4	12608979	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23547677	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	27132790	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18840978	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23672689	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	4794471	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	8834746	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17434405	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30210
SBS	Chr6	21454916	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24180715	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	4834329	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	9012188	A-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	15534597	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g26850
SBS	Chr7	17683315	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2047802	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	25376534	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12530651	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15289596	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15889398	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	2062675	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7516616	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	8483574	T-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	790082	790114	32	LOC_Os02g02370
Deletion	Chr2	1386160	1386173	13
Deletion	Chr10	5189465	5189466	1
Deletion	Chr11	8235279	8235282	3
Deletion	Chr11	15364420	15364485	65
Deletion	Chr10	16183030	16183031	1	LOC_Os10g31000
Deletion	Chr5	17449421	17449425	4
Deletion	Chr10	17607860	17607863	3	LOC_Os10g33440
Deletion	Chr1	18766231	18766239	8
Deletion	Chr1	18852926	18852927	1
Deletion	Chr7	19257928	19257930	2	LOC_Os07g32390
Deletion	Chr10	19901783	19901790	7
Deletion	Chr2	21158425	21158439	14
Deletion	Chr11	21621865	21621895	30
Deletion	Chr12	23062921	23062933	12	LOC_Os12g37570
Deletion	Chr5	23341483	23341490	7
Deletion	Chr4	24484416	24484428	12
Deletion	Chr5	25660375	25660377	2
Deletion	Chr3	26243238	26243250	12
Deletion	Chr7	28509684	28509685	1
Deletion	Chr1	34820092	34820134	42
Deletion	Chr1	39024972	39025002	30
Deletion	Chr1	39798429	39798433	4	LOC_Os01g68490

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	26479997	26479997	1
Insertion	Chr1	30947296	30947296	1	LOC_Os01g53830
Insertion	Chr1	7723828	7723828	1
Insertion	Chr12	23490639	23490640	2
Insertion	Chr12	6643555	6643555	1	LOC_Os12g12115
Insertion	Chr3	28278764	28278765	2
Insertion	Chr5	14475267	14475268	2
Insertion	Chr5	20168242	20168243	2
Insertion	Chr6	4492630	4492632	3
Insertion	Chr8	9212042	9212042	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	14318228	14954172
Inversion	Chr11	14318251	14954175

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	21538339	Chr8	18146561	LOC_Os12g35410

Main menu

You are here

Search Nipponbare