Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 25

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	41375402	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g71410
SBS	Chr10	16508168	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31510
SBS	Chr10	4042504	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5619500	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g10214
SBS	Chr11	1916850	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	19210170	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	4884077	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	9245492	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr12	24242495	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	5391558	C-G	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr2	27953600	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18281431	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	18281432	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	9863238	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	15066808	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	29346328	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7518704	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7518705	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7518706	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	1065828	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	21022884	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	25398836	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16078621	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	22283208	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	22670729	G-A	HET	INTRON

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	2852116	2852118	2
Deletion	Chr3	3637177	3637178	1
Deletion	Chr1	14697086	14697087	1
Deletion	Chr2	17931274	17931281	7	LOC_Os02g30180
Deletion	Chr2	20180490	20180503	13	LOC_Os02g33850
Deletion	Chr3	27774429	27774433	4
Deletion	Chr3	27914799	27914804	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	8940638	8940639	2
Insertion	Chr6	2832550	2832551	2	LOC_Os06g06120

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	4359845	4956432

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	33122081	Chr2	18286424	LOC_Os02g30690
Translocation	Chr3	33122557	Chr2	18286401	LOC_Os02g30690

Main menu