Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 26

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	32989880	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr10	11803222	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	14512786	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	26445205	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7675998	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8119934	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	11795839	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g20030
SBS	Chr2	14885130	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25490
SBS	Chr2	24099237	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	32653599	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	4485431	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12534127	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	30126838	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	34931088	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	19529948	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	26846581	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	683459	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	14394851	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29778658	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	10369897	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	9634062	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	23344333	A-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr7	6255951	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15068862	G-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	18377744	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	12842344	A-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	160124	160129	5
Deletion	Chr1	2551382	2551390	8
Deletion	Chr5	3565818	3565820	2
Deletion	Chr9	7314134	7314136	2
Deletion	Chr6	8397581	8397582	1	LOC_Os06g14800
Deletion	Chr7	8895403	8895405	2
Deletion	Chr10	13411001	13437000	26000	5
Deletion	Chr9	14150143	14150144	1
Deletion	Chr1	14161959	14161965	6
Deletion	Chr5	14715855	14715856	1
Deletion	Chr3	25056001	25196000	140000	20
Deletion	Chr8	27635331	27635351	20	LOC_Os08g43730
Deletion	Chr4	28032509	28032511	2
Deletion	Chr3	30793861	30793865	4	LOC_Os03g53700
Deletion	Chr1	32694815	32695695	880	LOC_Os01g56660
Deletion	Chr1	39472697	39472711	14

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	4118738	4118739	2
Insertion	Chr2	30889673	30889673	1
Insertion	Chr5	14475267	14475268	2
Insertion	Chr8	3347885	3347886	2
Insertion	Chr8	4481867	4481867	1

No Inversion

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4873501	Chr1	507475	LOC_Os01g01925
Translocation	Chr12	11762200	Chr5	4537643	2

Main menu