Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16137366	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	16776313	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	28566540	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	28812272	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	28812273	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	36381026	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	36381030	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	38884373	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11641682	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	21463149	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g40080
SBS	Chr10	5486005	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6971262	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	24882670	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	9263198	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19509480	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	7555684	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7916419	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	8954890	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	10792584	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	7214526	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13080
SBS	Chr5	18637828	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18795069	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23913273	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23913274	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	2829783	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	12863567	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	14848830	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	28029673	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	29958464	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr7	13133062	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	14026266	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	6848962	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20324667	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	2913816	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	8355705	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2014001	2299000	285000	37
Deletion	Chr3	6733988	6733989	1
Deletion	Chr9	7981089	7981090	1
Deletion	Chr11	8287004	8287006	2
Deletion	Chr4	9931798	9931799	1
Deletion	Chr9	11480001	11492000	12000	3
Deletion	Chr6	12540528	12540529	1
Deletion	Chr2	15403001	15414000	11000	2
Deletion	Chr12	19500573	19500574	1
Deletion	Chr6	21557825	21557826	1

No Insertion

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	5173376	5226767	LOC_Os08g08890

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	1631193	Chr2	30991346	LOC_Os12g03940
Translocation	Chr8	10125733	Chr6	18090406	2

Main menu