Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10103281	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	1180527	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	15490895	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	2957533	T-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g06220
SBS	Chr1	29881343	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34057664	G-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g58920
SBS	Chr10	1167154	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1276121	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g03060
SBS	Chr10	17836969	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	20356637	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	20743565	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3600495	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7201237	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	14940690	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	9637283	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	10704768	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g19104
SBS	Chr3	20299332	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29498919	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	34478278	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	34984648	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19614018	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	26872573	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32049011	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	5928583	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23038580	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g39290
SBS	Chr5	28282699	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6137784	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	1906219	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	20282442	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24927257	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41620
SBS	Chr6	27735479	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45840
SBS	Chr6	4931223	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	5496827	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11252901	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2718496	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	778740	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	15748136	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19208050	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	20239438	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	28325641	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13866239	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	1572795	1574353	1558	LOC_Os02g03750
Deletion	Chr7	2723001	2917000	194000	30
Deletion	Chr10	3792308	3792309	1
Deletion	Chr11	6442030	6442074	44	LOC_Os11g11580
Deletion	Chr2	6490377	6490381	4	LOC_Os02g12440
Deletion	Chr2	8107875	8107885	10	LOC_Os02g14700
Deletion	Chr6	8192846	8192847	1
Deletion	Chr9	8915585	8915589	4
Deletion	Chr4	9967519	9967520	1	LOC_Os04g18040
Deletion	Chr11	10008456	10008463	7
Deletion	Chr2	10868372	10868373	1
Deletion	Chr6	11924182	11924765	583
Deletion	Chr7	13990001	14230000	240000	39
Deletion	Chr7	14245001	14291000	46000	4
Deletion	Chr5	14731482	14731486	4
Deletion	Chr2	19794020	19794021	1	LOC_Os02g33320
Deletion	Chr5	21242814	21242815	1
Deletion	Chr3	22081564	22081567	3
Deletion	Chr12	22243062	22243063	1
Deletion	Chr5	23255004	23255006	2	LOC_Os05g39610
Deletion	Chr3	23538166	23538177	11
Deletion	Chr7	24980457	24980458	1
Deletion	Chr4	33924314	33924324	10
Deletion	Chr3	35694799	35694800	1	LOC_Os03g63150
Deletion	Chr1	40916356	40916357	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	33401530	33401531	2
Insertion	Chr11	2188507	2188507	1
Insertion	Chr3	459719	459719	1
Insertion	Chr6	22672325	22672327	3
Insertion	Chr9	18154253	18154258	6

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	24063913	24183912

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3373501	Chr2	31920134	2
Translocation	Chr7	3373534	Chr2	31807763	2
Translocation	Chr10	5530573	Chr6	11924763

Main menu