Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN1022-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN1022-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14968033	A-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	18326070	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr1	19204175	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	25737710	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	9715775	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11180781	G-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	18925645	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g35400
SBS	Chr11	12896705	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	19086600	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	27741462	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	4323098	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g08230
SBS	Chr11	588385	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7365467	A-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g13440
SBS	Chr12	11472904	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19700
SBS	Chr12	12529197	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	12979241	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11648432	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30218480	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	33177614	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	34487095	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	3579220	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7108361	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	13600720	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	19507494	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	2423051	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	26929899	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13350602	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23360
SBS	Chr4	16051970	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20794452	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21149156	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22440294	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23923986	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	33511067	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	34869379	C-G	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr4	9009536	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16570
SBS	Chr4	9408180	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	14245994	T-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr5	18602499	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21012802	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21506239	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28115451	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6609905	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9547274	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	13641156	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8021096	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	18276752	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	20140549	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	20374811	T-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	23382720	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4217096	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	10370881	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	10774490	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13937646	G-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	1798990	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	23629541	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	26323932	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	26602117	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	4115814	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4356173	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	20309907	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3528595	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	672949	672952	3
Deletion	Chr9	1915805	1915809	4
Deletion	Chr8	2469001	2552000	83000	10
Deletion	Chr8	2976757	2976763	6
Deletion	Chr7	4935320	4935321	1
Deletion	Chr1	8687820	8687824	4
Deletion	Chr7	8766011	8766023	12	LOC_Os07g15210
Deletion	Chr1	10566339	10566350	11
Deletion	Chr1	10669338	10669343	5
Deletion	Chr8	10963959	10963965	6
Deletion	Chr9	12110114	12110115	1	LOC_Os09g20200
Deletion	Chr2	12483282	12483294	12
Deletion	Chr10	13910001	14293000	383000	44
Deletion	Chr12	14571197	14571210	13
Deletion	Chr5	17246853	17246861	8
Deletion	Chr5	18028804	18028805	1
Deletion	Chr3	20242793	20242799	6	LOC_Os03g36530
Deletion	Chr2	20952073	20973774	21701	5
Deletion	Chr1	28846182	28846183	1
Deletion	Chr4	29884952	29884953	1	LOC_Os04g50100
Deletion	Chr2	30176113	30176114	1
Deletion	Chr2	31187972	31187974	2
Deletion	Chr1	31596999	31597014	15	LOC_Os01g54930
Deletion	Chr3	31599808	31599810	2	LOC_Os03g55530

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	25174117	25174118	2
Insertion	Chr2	18667295	18667295	1	LOC_Os02g31170
Insertion	Chr3	22313537	22313539	3
Insertion	Chr4	351665	351666	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	2084274	2112217
Inversion	Chr8	2084286	2468705
Inversion	Chr8	2100661	3004339
Inversion	Chr8	2551984	3004346
Inversion	Chr10	13898132	14763341	LOC_Os10g26630
Inversion	Chr2	20952591	21164650
Inversion	Chr2	20973214	21163980	LOC_Os02g34970

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	2084270	Chr1	24677418
Translocation	Chr4	12914757	Chr2	20952485
Translocation	Chr4	12914771	Chr2	20952075
Translocation	Chr10	13898135	Chr2	17673926	LOC_Os10g26630
Translocation	Chr10	13910161	Chr2	20973219	LOC_Os02g34970
Translocation	Chr10	14292556	Chr2	21163983
Translocation	Chr10	14763351	Chr2	21164684
Translocation	Chr5	22411100	Chr1	28240038	LOC_Os05g38219
Translocation	Chr5	22411102	Chr1	28241032	LOC_Os05g38219

Main menu

You are here

Search Nipponbare