Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN1355-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN1355-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14091827	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27168430	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	330104	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1275326	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	17713395	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	23163939	G-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	23163943	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	23219995	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	8106970	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11662984	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	29669388	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g48450
SBS	Chr2	29669389	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	31289274	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	34352986	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	7742486	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	14317018	A-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	16271157	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	21034841	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22480475	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	7221917	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	20092537	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20287235	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	22345924	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	28359977	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	4248808	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8136782	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8136783	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11081380	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11427970	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	12672722	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17652576	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	28604747	C-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47170
SBS	Chr6	29424944	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	9566764	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	9595113	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11774289	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14182528	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14694096	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25630
SBS	Chr7	3265457	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	8437178	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	18837954	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	10746726	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g17570
SBS	Chr9	10746727	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g17570
SBS	Chr9	13805119	C-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr9	407376	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	7847293	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1221493	1221505	12
Deletion	Chr8	3337774	3337785	11	LOC_Os08g06100
Deletion	Chr8	4111094	4111101	7
Deletion	Chr1	4193843	4193844	1
Deletion	Chr4	6681662	6681668	6	LOC_Os04g12130
Deletion	Chr10	7788104	7788111	7
Deletion	Chr3	8719689	8719701	12	LOC_Os03g15800
Deletion	Chr1	10089136	10089141	5	LOC_Os01g18030
Deletion	Chr7	10940748	10940754	6
Deletion	Chr3	11680789	11680790	1
Deletion	Chr10	15738749	15738758	9
Deletion	Chr6	15968119	15968129	10
Deletion	Chr2	18958688	18958691	3
Deletion	Chr8	19537991	19538030	39
Deletion	Chr7	21859417	21859430	13
Deletion	Chr1	23395549	23395553	4
Deletion	Chr2	23497814	23497821	7
Deletion	Chr3	25491824	25491833	9
Deletion	Chr11	25607159	25607166	7
Deletion	Chr1	26255725	26255727	2
Deletion	Chr1	26635361	26635377	16
Deletion	Chr7	27264025	27264032	7	LOC_Os07g45660
Deletion	Chr5	28859504	28859524	20
Deletion	Chr3	31092324	31092325	1
Deletion	Chr2	35138460	35138472	12
Deletion	Chr1	36203292	36224913	21621	6
Deletion	Chr1	42405620	42405624	4

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	19219927	19219930	4
Insertion	Chr4	21255083	21255083	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	23133377	23187455	2
Inversion	Chr11	23133391	23187460	2

No Translocation

Main menu

You are here

Search Nipponbare