Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN1423-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN1423-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 118

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21847884	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	23742726	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	24921674	G-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	25001002	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	29717765	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	30318159	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	30450708	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	32095660	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	36218892	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	37876072	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	37876075	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	5985911	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	14044873	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	21595770	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g40290
SBS	Chr10	8883050	A-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g17590
SBS	Chr10	917972	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	917973	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	15618770	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	18233913	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	19474888	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	22230163	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g37660
SBS	Chr11	23882804	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	26824125	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	26996234	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	27627847	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	5765098	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7969526	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	14914206	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	15075812	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	15500269	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	17697037	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	17697040	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	23626467	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	24310352	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	2486570	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	26063493	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7239456	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10299166	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	11066022	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11658179	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14545644	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	14986451	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	25748882	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	25748883	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	34717389	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	4072992	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	10531968	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	11092757	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	13962190	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	14500839	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	1754340	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	17557923	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	18077755	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	22032938	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	29118687	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	31490524	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	33123128	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	34534476	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	35945262	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	4232690	G-T	HOMO	STOP_GAINED	LOC_Os03g08310
SBS	Chr3	6811747	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	9055667	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	11835904	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	2251212	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	6361591	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	14554857	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1799167	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	19591401	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20867876	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g35130
SBS	Chr5	20980742	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21828771	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	22688925	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	26614646	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28477820	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6405161	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	815971	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	815979	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	12239577	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	12239578	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	13718718	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	21893671	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	23865116	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	26916819	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g44570
SBS	Chr6	29091126	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	3572932	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6181979	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6523523	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10281568	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	11040415	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11048634	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	11048637	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	11048638	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	16636548	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	17502061	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	17547318	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	19815076	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	25760216	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	29683820	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	3805511	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	7054926	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	23869266	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	24544420	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	26520131	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	8248578	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	843792	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	8557158	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g14280
SBS	Chr9	11095881	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr9	11095882	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g18100
SBS	Chr9	1166028	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	12983218	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15381501	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17627418	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr9	18738037	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	1963069	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	4517496	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g08640
SBS	Chr9	4825158	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09050
SBS	Chr9	5167579	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g09580
SBS	Chr9	9709317	A-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	3798393	3798404	11	LOC_Os07g07580
Deletion	Chr8	6031120	6031126	6
Deletion	Chr6	6181788	6181789	1
Deletion	Chr5	7908379	7908380	1
Deletion	Chr7	9423356	9423359	3
Deletion	Chr7	11048081	11048083	2
Deletion	Chr6	13233037	13233046	9	LOC_Os06g22750
Deletion	Chr1	16141241	16141246	5
Deletion	Chr8	22208251	22208252	1
Deletion	Chr1	22265823	22265824	1
Deletion	Chr12	22624612	22624627	15
Deletion	Chr4	26962594	26962604	10	LOC_Os04g45580
Deletion	Chr2	27141001	27209000	68000	9
Deletion	Chr4	28438484	28438485	1
Deletion	Chr1	40857059	40857069	10	LOC_Os01g70540

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr9	5029682	5029683	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	6089459	6528946
Inversion	Chr1	32172605	41977140	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2322097	Chr11	5019906
Translocation	Chr7	11222735	Chr4	17934859	2
Translocation	Chr11	13220820	Chr5	29713157
Translocation	Chr12	21494753	Chr11	17511063	LOC_Os12g35360
Translocation	Chr11	23704834	Chr6	6173489	LOC_Os06g11640
Translocation	Chr11	23704841	Chr6	6173498	LOC_Os06g11640

Main menu

You are here

Search Nipponbare