Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN1697-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN1697-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000326 (Leaf Color) = Normal TO:0000137 (Days to heading) = Normal (Between 75% and 125%) TO:0000346 (Tiller number) = Normal (Between 75% and 125%) TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	3766090	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g07840
SBS	Chr1	11401579	A-T	HET
SBS	Chr1	15288532	T-A	HET
SBS	Chr1	16117194	A-T	HET
SBS	Chr1	21561525	A-T	HET
SBS	Chr1	40685653	T-A	Homo
SBS	Chr2	7911521	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14410
SBS	Chr2	16201766	A-T	HET
SBS	Chr2	20660831	T-C	HET
SBS	Chr2	22289326	A-T	HET
SBS	Chr2	31190242	A-C	HET
SBS	Chr3	25374096	T-G	HET
SBS	Chr3	30192078	G-A	HET
SBS	Chr4	7710204	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13820
SBS	Chr4	10792584	C-T	Homo
SBS	Chr5	15419560	C-G	HET
SBS	Chr6	143738	G-T	HET
SBS	Chr6	1506600	G-A	HET
SBS	Chr6	1506601	A-T	HET
SBS	Chr6	3112379	C-T	HET
SBS	Chr6	11367176	G-C	HET
SBS	Chr6	23354319	A-T	HET
SBS	Chr7	8970228	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g15460
SBS	Chr7	9334975	T-C	HET
SBS	Chr7	10211462	C-T	HET
SBS	Chr7	14026266	C-T	Homo
SBS	Chr8	11012988	C-T	HET
SBS	Chr8	12833719	G-A	HET
SBS	Chr8	15815596	C-T	HET
SBS	Chr8	19869715	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g32040
SBS	Chr8	23680304	A-G	HET
SBS	Chr8	27377576	G-A	HET
SBS	Chr8	28197871	A-C	HET
SBS	Chr9	2149952	C-T	HET
SBS	Chr9	2151298	A-C	HET
SBS	Chr9	4743356	T-G	HET
SBS	Chr9	12879232	A-T	Homo
SBS	Chr9	15022546	G-A	HET
SBS	Chr10	5486005	T-A	Homo
SBS	Chr11	4316109	G-A	HET
SBS	Chr11	15732030	G-C	HET
SBS	Chr12	8954890	G-T	Homo
SBS	Chr12	15338502	T-G	HET
SBS	Chr12	19383942	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g32140
SBS	Chr12	19383943	G-T	HET
SBS	Chr12	19383944	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g32140
SBS	Chr12	19520105	A-T	HET
SBS	Chr12	25473382	T-A	HET

Deletions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	3409287	3409289	2
Deletion	Chr9	9279696	9279703	7
Deletion	Chr4	14081001	14091000	9999	LOC_Os04g24550
Deletion	Chr9	15679001	15707000	27999	5
Deletion	Chr12	19081555	19081556	1
Deletion	Chr6	24100540	24100542	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr5	2567681	2567682	2
Insertion	Chr1	34047786	34047786	1
Insertion	Chr2	23336959	23336959	1
Insertion	Chr3	22759606	22759617	12
Insertion	Chr6	21038970	21039007	38
Insertion	Chr8	2795423	2795423	1
Insertion	Chr10	2694374	2694397	24
Insertion	Chr11	23031529	23031550	22

Inversions: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	1215569	1215765
Inversion	Chr7	9398785	9399036
Inversion	Chr11	15547266	16038680
Inversion	Chr11	15547272	16038688
Inversion	Chr9	16806546	16806879
Inversion	Chr9	16881027	16881378
Inversion	Chr8	20416961	20417322	LOC_Os08g32920
Inversion	Chr1	23225388	23225651	LOC_Os01g41010
Inversion	Chr7	23677160	23677479
Inversion	Chr4	29093816	29094018
Inversion	Chr1	31253934	31254063	LOC_Os01g54300
Inversion	Chr3	33766463	33766671	LOC_Os03g59300
Inversion	Chr1	42017897	42018151	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2984774	Chr9	2136220	LOC_Os12g06270
Translocation	Chr12	2985475	Chr9	2136209	LOC_Os12g06270
Translocation	Chr6	4820846	Chr4	848440	2
Translocation	Chr11	7098110	Chr6	1748200
Translocation	Chr6	9165160	Chr3	14831130
Translocation	Chr5	9977861	Chr2	14658117
Translocation	Chr7	15462310	Chr6	24777049
Translocation	Chr7	19555902	Chr2	25382838	2

Main menu