Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2107-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2107-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11022108	A-G	Homo
SBS	Chr1	11426323	A-G	Homo
SBS	Chr1	29857391	G-T	HET
SBS	Chr1	7281027	T-A	Homo
SBS	Chr1	7281028	C-A	Homo
SBS	Chr1	7299170	A-G	Homo
SBS	Chr10	12211415	C-T	Homo
SBS	Chr10	704034	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g02120
SBS	Chr11	17663862	C-T	HET
SBS	Chr11	26143494	A-C	Homo
SBS	Chr12	20323249	T-A	HET
SBS	Chr2	14328698	G-A	HET
SBS	Chr2	14482563	C-A	HET
SBS	Chr2	15958332	A-T	HET
SBS	Chr2	16209547	G-T	HET
SBS	Chr2	16209548	C-T	HET
SBS	Chr2	20490356	C-T	HET
SBS	Chr2	20512683	T-C	HET
SBS	Chr2	20815308	T-A	HET
SBS	Chr2	2534692	G-A	Homo
SBS	Chr2	57999	T-A	HET
SBS	Chr3	11757155	G-A	Homo
SBS	Chr3	13316715	C-G	HET
SBS	Chr3	4236208	T-C	HET
SBS	Chr3	4508616	A-G	HET
SBS	Chr3	5171520	C-T	HET
SBS	Chr4	10767268	A-G	HET
SBS	Chr4	11362554	G-A	HET
SBS	Chr4	16407180	G-A	HET
SBS	Chr4	16439227	T-C	HET
SBS	Chr5	14871782	C-G	HET
SBS	Chr5	22207873	T-A	HET
SBS	Chr5	22291230	T-C	HET
SBS	Chr5	28820674	T-A	HET
SBS	Chr6	14140997	C-T	HET
SBS	Chr6	14209807	C-T	HET
SBS	Chr6	20936717	G-A	HET
SBS	Chr7	12674934	T-A	Homo
SBS	Chr7	12873435	G-A	Homo
SBS	Chr7	25435059	A-G	HET
SBS	Chr8	17434570	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g28550
SBS	Chr8	19467262	A-C	Homo
SBS	Chr8	25527629	A-C	HET
SBS	Chr8	2807227	G-T	HET
SBS	Chr8	5901169	A-C	HET
SBS	Chr9	12230576	A-T	Homo
SBS	Chr9	14181994	G-A	HET
SBS	Chr9	18096429	C-A	HET
SBS	Chr9	2620587	C-T	HET
SBS	Chr9	8826104	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14820

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	2980267	2980277	10	LOC_Os08g05570
Deletion	Chr3	6024347	6024349	2
Deletion	Chr1	7287850	7287852	2
Deletion	Chr2	8182840	8182843	3
Deletion	Chr9	10821678	10821686	8
Deletion	Chr3	13255509	13255510	1
Deletion	Chr5	15399650	15399658	8
Deletion	Chr12	19180791	19180792	1
Deletion	Chr9	19302065	19302067	2
Deletion	Chr1	25877001	25888000	10999	LOC_Os01g45570
Deletion	Chr1	25894001	26111000	216999	35
Deletion	Chr11	26110334	26110337	3
Deletion	Chr11	27300794	27300795	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	2026564	2026564	1
Insertion	Chr4	21490859	21490859	1
Insertion	Chr4	26597673	26597673	1
Insertion	Chr6	16047137	16047205	69
Insertion	Chr7	16594091	16594092	2
Insertion	Chr7	16836657	16836657	1	LOC_Os07g28760

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	86986	545538
Inversion	Chr1	10984936	11439015
Inversion	Chr1	10984971	11439018
Inversion	Chr3	11760594	12031661	2
Inversion	Chr3	26060206	26069729	LOC_Os03g46080

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1567096	Chr3	11760590
Translocation	Chr8	1567915	Chr3	12031654	2
Translocation	Chr11	4910767	Chr8	24407377
Translocation	Chr5	6200339	Chr4	16995392	LOC_Os05g11064
Translocation	Chr7	9026353	Chr2	7996989
Translocation	Chr6	18185543	Chr2	15507707
Translocation	Chr10	19651087	Chr4	20045841
Translocation	Chr7	22897488	Chr3	11855837

Main menu