Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12496053	A-G	HET
SBS	Chr1	1251617	G-C	HET
SBS	Chr1	17762618	C-A	Homo
SBS	Chr1	19153685	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g34720
SBS	Chr10	19708478	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g36810
SBS	Chr10	21068466	C-A	HET
SBS	Chr11	13905738	C-T	Homo
SBS	Chr11	28759802	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g47600
SBS	Chr12	13757586	G-C	HET
SBS	Chr12	15204108	C-G	HET
SBS	Chr12	15204112	C-A	HET
SBS	Chr12	15204113	G-T	HET
SBS	Chr12	16413982	A-T	HET
SBS	Chr3	11264511	C-A	HET
SBS	Chr3	14357154	A-T	Homo
SBS	Chr3	1888895	A-G	HET
SBS	Chr3	19489490	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g34220
SBS	Chr4	10553653	C-T	HET
SBS	Chr4	13227239	T-A	Homo
SBS	Chr4	13584540	G-T	Homo
SBS	Chr4	15483799	C-T	Homo
SBS	Chr4	8652921	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g15930
SBS	Chr5	13573569	G-A	HET
SBS	Chr5	13573570	G-T	HET
SBS	Chr5	13573573	T-G	HET
SBS	Chr6	29185188	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48250
SBS	Chr6	30027087	G-T	Homo
SBS	Chr6	30027088	G-A	Homo
SBS	Chr7	13550	C-T	HET
SBS	Chr7	17216186	T-C	HET
SBS	Chr8	11151033	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g18180
SBS	Chr8	11892207	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g19850
SBS	Chr8	15293860	C-A	HET
SBS	Chr8	15992668	G-A	HET
SBS	Chr9	12073781	T-C	HET
SBS	Chr9	16554697	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g27220
SBS	Chr9	22574971	G-A	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	4194899	4194911	12
Deletion	Chr2	6365214	6365215	1
Deletion	Chr7	8616743	8616746	3	LOC_Os07g15030
Deletion	Chr6	9509846	9509857	11
Deletion	Chr8	12635001	12668000	32999	7
Deletion	Chr11	14042333	14042335	2
Deletion	Chr3	14641870	14641872	2	LOC_Os03g25590
Deletion	Chr12	18230900	18230901	1	LOC_Os12g30360
Deletion	Chr7	19446887	19446894	7
Deletion	Chr6	21694061	21694062	1
Deletion	Chr7	25514381	25514383	2
Deletion	Chr3	25679104	25679193	89
Deletion	Chr7	27571358	27571361	3	LOC_Os07g46190
Deletion	Chr1	27874222	27874237	15

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	16256193	16256193	1
Insertion	Chr11	6390130	6390132	3
Insertion	Chr4	21137082	21137083	2
Insertion	Chr7	106866	106887	22

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	10257065	10257410
Inversion	Chr5	15642211	15704701
Inversion	Chr5	15642239	15707416
Inversion	Chr6	30130238	30130582	LOC_Os06g49800

No Translocation

Main menu