Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2181-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2181-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Low (Between 25% and 75%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	29857391	G-T	Homo
SBS	Chr1	8714329	A-T	HET
SBS	Chr10	22845938	C-A	HET
SBS	Chr10	4639384	G-T	HET
SBS	Chr11	10455773	C-G	HET
SBS	Chr11	28927758	G-A	HET
SBS	Chr11	4759739	A-C	HET
SBS	Chr12	19989171	A-G	HET
SBS	Chr12	20323249	T-A	Homo
SBS	Chr12	22201052	C-T	HET
SBS	Chr12	26435119	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g42570
SBS	Chr12	2891569	T-A	HET
SBS	Chr2	12200367	G-A	HET
SBS	Chr2	30069553	A-C	Homo
SBS	Chr2	30088814	C-T	Homo
SBS	Chr3	27414728	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g48180
SBS	Chr3	27414729	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g48180
SBS	Chr3	29419488	C-A	HET
SBS	Chr3	32296860	G-T	HET
SBS	Chr3	32908937	G-A	HET
SBS	Chr3	4826646	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g09250
SBS	Chr3	6221470	T-A	HET
SBS	Chr4	10886749	T-C	HET
SBS	Chr4	17235393	A-T	HET
SBS	Chr4	24291015	T-C	Homo
SBS	Chr4	25834734	C-T	Homo
SBS	Chr4	7977785	T-G	HET
SBS	Chr5	16890867	T-A	Homo
SBS	Chr5	21335322	A-G	HET
SBS	Chr5	21335333	C-G	HET
SBS	Chr5	22076862	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37720
SBS	Chr5	23144770	T-C	HET
SBS	Chr5	7150376	G-A	Homo
SBS	Chr6	255820	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g01420
SBS	Chr6	4005220	T-A	HET
SBS	Chr7	19654882	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g32870
SBS	Chr7	27198245	C-A	Homo
SBS	Chr7	7377206	C-T	HET
SBS	Chr8	13306338	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22030
SBS	Chr8	18777246	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g30520
SBS	Chr8	5933665	G-T	HET
SBS	Chr9	1716936	G-A	HET
SBS	Chr9	1971522	C-G	HET
SBS	Chr9	3513546	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07170
SBS	Chr9	5168412	G-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1969247	1969252	5
Deletion	Chr12	2582191	2582195	4
Deletion	Chr10	8469016	8469019	3
Deletion	Chr2	11471995	11471999	4
Deletion	Chr10	13687951	13687952	1	LOC_Os10g26370
Deletion	Chr1	14347401	14347402	1
Deletion	Chr12	22946465	22946467	2
Deletion	Chr1	23434435	23434439	4
Deletion	Chr2	26223411	26223416	5	LOC_Os02g43450
Deletion	Chr8	26701221	26701223	2
Deletion	Chr1	28356939	28356945	6

No Insertion

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	12599609	12633603	2
Inversion	Chr6	25511163	25679790
Inversion	Chr6	25511164	25679792

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	11379209	Chr6	7774338	2
Translocation	Chr8	15226187	Chr1	2638277
Translocation	Chr8	15325646	Chr4	5328030	LOC_Os08g25220
Translocation	Chr8	17495802	Chr3	15244343	2
Translocation	Chr7	28216500	Chr4	17793219	LOC_Os07g47201

Main menu