Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2192-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2192-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12431493	C-T	HET
SBS	Chr1	13119810	T-A	HET
SBS	Chr1	13239050	A-T	HET
SBS	Chr1	14999276	C-A	Homo
SBS	Chr1	30609442	A-T	Homo
SBS	Chr1	32030749	T-C	HET
SBS	Chr1	32290610	C-T	HET
SBS	Chr1	32349438	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g56180
SBS	Chr1	34205579	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g59210
SBS	Chr1	6684462	C-G	HET
SBS	Chr10	1477806	G-C	Homo
SBS	Chr10	15375525	C-A	HET
SBS	Chr10	18663409	C-T	HET
SBS	Chr12	15795235	T-C	Homo
SBS	Chr12	1926211	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g04520
SBS	Chr12	20955399	T-C	HET
SBS	Chr12	23900576	G-A	HET
SBS	Chr12	2844445	C-T	HET
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET
SBS	Chr2	31563083	G-A	Homo
SBS	Chr2	3252926	A-T	HET
SBS	Chr2	846481	T-A	HET
SBS	Chr2	9591495	A-T	HET
SBS	Chr3	14029113	G-A	HET
SBS	Chr3	14029114	G-A	HET
SBS	Chr3	17323063	C-A	HET
SBS	Chr3	20510641	T-A	HET
SBS	Chr3	23783393	T-A	Homo
SBS	Chr3	27138357	C-T	HET
SBS	Chr3	30108312	C-T	HET
SBS	Chr3	32460462	C-T	Homo
SBS	Chr3	32481753	T-A	Homo
SBS	Chr4	10541708	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18980
SBS	Chr4	10848057	T-A	HET
SBS	Chr4	17045114	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28780
SBS	Chr4	22190483	G-A	HET
SBS	Chr4	27186900	G-T	HET
SBS	Chr4	30176057	T-C	Homo
SBS	Chr4	30323560	T-C	HET
SBS	Chr4	7719942	G-C	HET
SBS	Chr5	18477212	G-T	HET
SBS	Chr5	24655954	G-T	HET
SBS	Chr5	251325	A-G	HET
SBS	Chr5	28103351	T-C	HET
SBS	Chr5	29637242	A-T	Homo
SBS	Chr6	10619881	A-T	HET
SBS	Chr6	10631448	G-A	Homo
SBS	Chr6	14390498	A-G	HET
SBS	Chr6	1631899	T-C	HET
SBS	Chr6	2517523	C-A	Homo
SBS	Chr6	326460	G-A	Homo
SBS	Chr7	13906287	G-A	HET
SBS	Chr7	29363029	G-A	HET
SBS	Chr8	18857758	G-T	HET
SBS	Chr8	7785689	G-T	HET
SBS	Chr9	12475938	A-T	HET
SBS	Chr9	1523792	A-T	HET
SBS	Chr9	17081287	G-C	HET
SBS	Chr9	6501864	A-G	HET

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1116956	1116962	6
Deletion	Chr6	2811686	2811699	13
Deletion	Chr5	2883933	2883934	1	LOC_Os05g05780
Deletion	Chr12	3438001	3465000	26999	3
Deletion	Chr11	4487911	4487912	1
Deletion	Chr11	5914327	5914329	2
Deletion	Chr11	6510857	6510858	1	LOC_Os11g11710
Deletion	Chr3	13499433	13499508	75
Deletion	Chr2	14986225	14986236	11
Deletion	Chr9	15153183	15153213	30
Deletion	Chr5	16452214	16452246	32	LOC_Os05g28120
Deletion	Chr3	19564324	19564479	155
Deletion	Chr2	20137537	20137541	4
Deletion	Chr1	21164388	21164389	1
Deletion	Chr2	22177793	22177800	7	LOC_Os02g36770
Deletion	Chr8	22974268	22974275	7	LOC_Os08g36390
Deletion	Chr7	24507881	24507882	1
Deletion	Chr5	27588158	27588159	1	LOC_Os05g48120
Deletion	Chr3	28811875	28811881	6
Deletion	Chr3	30983940	30983945	5
Deletion	Chr3	32460426	32460432	6

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	3190532	3190532	1
Insertion	Chr11	19527999	19528002	4
Insertion	Chr11	7448026	7448029	4

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	3025584	3437628	2
Inversion	Chr12	3026115	3462113	2
Inversion	Chr10	8748358	8761187	LOC_Os10g17360
Inversion	Chr1	32229326	32303901	2
Inversion	Chr1	32229328	32303905	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	3249472	Chr1	2526286	LOC_Os11g06670
Translocation	Chr12	8667522	Chr11	23449782
Translocation	Chr3	27389211	Chr1	32305645	2
Translocation	Chr3	27389740	Chr1	32305651	2
Translocation	Chr11	28166031	Chr6	26697238

Main menu