Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2194-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2194-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	33964188	G-T	HET
SBS	Chr10	880939	A-C	HET
SBS	Chr10	880941	G-T	HET
SBS	Chr11	14179753	T-A	HET	STOP_LOST	LOC_Os11g24870
SBS	Chr11	23788640	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39910
SBS	Chr11	27473010	C-A	Homo
SBS	Chr11	6435154	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g11570
SBS	Chr11	7391556	G-T	HET
SBS	Chr11	8711621	G-A	HET
SBS	Chr12	14911016	T-G	HET
SBS	Chr12	15258916	C-A	HET
SBS	Chr12	17217192	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g29070
SBS	Chr12	20980727	C-G	Homo
SBS	Chr12	25389271	G-T	HET
SBS	Chr12	9019364	G-A	HET
SBS	Chr2	17447490	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g29380
SBS	Chr2	17627901	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g29640
SBS	Chr2	27312124	G-A	HET
SBS	Chr2	31899364	C-A	HET
SBS	Chr2	7675342	C-G	HET
SBS	Chr2	7675343	T-G	HET
SBS	Chr3	22843833	C-A	Homo
SBS	Chr3	461117	G-C	Homo
SBS	Chr3	6405141	G-T	HET
SBS	Chr4	12907628	A-G	Homo
SBS	Chr4	17881345	G-T	HET
SBS	Chr4	18747929	C-G	HET
SBS	Chr4	6211518	G-T	HET
SBS	Chr5	14289072	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24680
SBS	Chr5	15113531	C-T	HET
SBS	Chr5	20822126	T-C	HET
SBS	Chr5	9457002	T-G	HET
SBS	Chr6	10115508	C-T	HET
SBS	Chr6	10865750	G-A	HET
SBS	Chr6	15414636	G-T	HET
SBS	Chr7	10266690	T-A	HET
SBS	Chr7	13023364	C-T	HET
SBS	Chr7	19728541	G-A	HET
SBS	Chr7	2636878	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g05610
SBS	Chr7	4329192	T-G	HET
SBS	Chr7	7158462	G-A	HET
SBS	Chr8	16803230	C-T	HET
SBS	Chr8	19224421	G-A	HET
SBS	Chr9	10376720	C-T	HET
SBS	Chr9	17760228	T-G	HET
SBS	Chr9	21721507	C-T	HET
SBS	Chr9	4633128	C-T	Homo

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	1208001	1224000	15999	3
Deletion	Chr9	1895001	1936000	40999	5
Deletion	Chr2	2831493	2831496	3
Deletion	Chr4	5966499	5966503	4
Deletion	Chr2	7832011	7832129	118
Deletion	Chr7	11073372	11073378	6
Deletion	Chr10	17078196	17078223	27
Deletion	Chr3	17339736	17339737	1	LOC_Os03g30410
Deletion	Chr9	21649120	21649123	3
Deletion	Chr8	25633064	25633072	8
Deletion	Chr6	28432493	28432496	3
Deletion	Chr6	30977001	31007000	29999	4

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	34123379	34123379	1
Insertion	Chr10	7259059	7259060	2
Insertion	Chr4	10817734	10817734	1
Insertion	Chr5	10007414	10007414	1
Insertion	Chr9	7692865	7692865	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	20873918	20874424

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	2499158	Chr8	19698850
Translocation	Chr5	9425514	Chr4	4120446	2

Main menu