Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2199-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2199-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13414829	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g23840
SBS	Chr1	23036712	G-T	HET
SBS	Chr1	23036713	A-T	HET
SBS	Chr1	26279004	T-G	HET
SBS	Chr1	26513266	G-A	HET
SBS	Chr1	35000405	G-T	HET
SBS	Chr1	8363452	A-T	HET
SBS	Chr10	18038270	T-A	HET
SBS	Chr10	20039012	C-T	HET
SBS	Chr10	7408964	G-A	Homo
SBS	Chr11	11524335	C-T	HET
SBS	Chr11	14134435	C-T	HET
SBS	Chr11	15109520	C-T	HET
SBS	Chr11	9130823	C-A	HET
SBS	Chr12	17096909	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28920
SBS	Chr12	17675123	A-T	Homo
SBS	Chr12	5131714	C-G	HET
SBS	Chr2	12648696	A-T	HET
SBS	Chr2	15199096	G-A	HET
SBS	Chr2	16112926	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g27350
SBS	Chr3	33263081	G-C	HET
SBS	Chr4	17530990	C-A	Homo
SBS	Chr4	26203251	T-A	HET
SBS	Chr4	5426692	T-A	HET
SBS	Chr5	23008290	A-C	HET
SBS	Chr5	28885004	C-T	HET
SBS	Chr5	4336798	T-A	HET
SBS	Chr7	12779323	T-C	HET
SBS	Chr7	15679378	G-C	HET
SBS	Chr7	24848633	G-A	HET
SBS	Chr7	6422041	C-T	HET
SBS	Chr8	10902350	C-A	HET
SBS	Chr8	11433451	A-T	HET
SBS	Chr8	13715487	G-A	HET
SBS	Chr8	18977352	G-A	HET
SBS	Chr9	11718806	G-A	HET
SBS	Chr9	16770228	G-A	HET
SBS	Chr9	5973540	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g10890
SBS	Chr9	743828	T-C	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	2555057	2555059	2
Deletion	Chr4	3062941	3062943	2
Deletion	Chr11	5336544	5336546	2
Deletion	Chr11	5470994	5470996	2
Deletion	Chr10	9076909	9076911	2
Deletion	Chr1	20181202	20181203	1
Deletion	Chr9	21568722	21568731	9
Deletion	Chr2	24498735	24498741	6
Deletion	Chr1	25919445	25919449	4
Deletion	Chr3	31563484	31563485	1	LOC_Os03g55480
Deletion	Chr1	40743676	40743677	1
Deletion	Chr1	42188116	42188117	1

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	25644115	25644186	72
Insertion	Chr12	21964312	21964312	1
Insertion	Chr3	35098255	35098255	1	LOC_Os03g61910
Insertion	Chr4	19068792	19068792	1	LOC_Os04g31850
Insertion	Chr4	22621177	22621229	53
Insertion	Chr5	19193910	19193911	2
Insertion	Chr6	29862026	29862026	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr8	13600747	14076802
Inversion	Chr4	14684648	15117368
Inversion	Chr1	19822604	19823068
Inversion	Chr1	19822645	19823183

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	223061	Chr4	32065612	2
Translocation	Chr7	3164259	Chr1	5318036	2
Translocation	Chr12	4126723	Chr10	10547348
Translocation	Chr6	4675800	Chr3	10899974
Translocation	Chr3	8825037	Chr2	17955708	2
Translocation	Chr6	9350538	Chr1	39116100	2
Translocation	Chr6	9878348	Chr3	3952661	2
Translocation	Chr5	13135877	Chr4	11855959
Translocation	Chr5	16802425	Chr3	13986913	2
Translocation	Chr8	19719812	Chr2	27242601
Translocation	Chr11	28256119	Chr2	13043193	LOC_Os11g47030

Main menu