Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2200-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2200-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1064237	T-A	HET
SBS	Chr1	12554294	G-A	Homo
SBS	Chr1	16609470	T-C	HET
SBS	Chr1	16915558	C-A	HET
SBS	Chr1	25081812	G-A	Homo
SBS	Chr1	31370361	A-T	HET
SBS	Chr1	32966687	A-G	Homo
SBS	Chr1	42929695	C-T	Homo
SBS	Chr1	42929700	A-T	Homo
SBS	Chr2	2728058	G-A	HET
SBS	Chr2	17307170	C-T	HET
SBS	Chr2	19720150	T-C	HET
SBS	Chr2	22210373	C-T	HET
SBS	Chr2	35572409	A-G	HET
SBS	Chr3	953314	T-C	HET
SBS	Chr3	1063870	G-A	Homo
SBS	Chr3	1098562	G-C	HET
SBS	Chr3	23571815	T-A	HET
SBS	Chr3	35715774	C-T	HET	START_LOST	LOC_Os03g63200
SBS	Chr4	5741262	C-T	HET
SBS	Chr4	9383677	C-T	Homo
SBS	Chr4	13074203	C-T	HET
SBS	Chr4	15247831	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26140
SBS	Chr4	24641366	T-G	HET
SBS	Chr5	5387648	G-T	HET
SBS	Chr6	2914119	A-G	HET
SBS	Chr6	8985542	G-T	HET
SBS	Chr6	14890371	C-T	HET
SBS	Chr7	9580340	G-A	HET
SBS	Chr7	9730275	C-T	HET
SBS	Chr7	16705767	G-A	HET
SBS	Chr8	6501970	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11050
SBS	Chr8	8629081	C-T	HET
SBS	Chr8	9955853	A-G	Homo
SBS	Chr8	23394932	T-A	Homo
SBS	Chr9	2623224	C-A	HET
SBS	Chr9	5593211	A-G	Homo
SBS	Chr9	7063048	G-A	Homo
SBS	Chr10	3278949	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g06370
SBS	Chr10	6697325	C-T	HET
SBS	Chr10	9430289	A-G	HET
SBS	Chr11	1625679	G-A	HET
SBS	Chr11	3648262	G-T	Homo
SBS	Chr11	3648263	A-T	Homo
SBS	Chr11	6201322	G-T	HET
SBS	Chr11	8265115	C-T	HET
SBS	Chr11	8734126	T-C	Homo
SBS	Chr11	13850170	C-A	Homo
SBS	Chr12	6626159	G-A	HET
SBS	Chr12	11647608	G-A	HET
SBS	Chr12	11656516	G-C	HET
SBS	Chr12	15382123	C-T	HET
SBS	Chr12	17866796	C-T	HET
SBS	Chr12	22510467	T-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	141854	141864	10
Deletion	Chr12	2052031	2052038	7
Deletion	Chr12	8459840	8459842	2
Deletion	Chr1	8656673	8656675	2
Deletion	Chr6	9147824	9147826	2	LOC_Os06g16070
Deletion	Chr11	9961850	9961856	6
Deletion	Chr1	16064701	16064712	11
Deletion	Chr2	22248182	22248194	12
Deletion	Chr5	22462001	22557000	94999	15
Deletion	Chr7	27899330	27899340	10
Deletion	Chr1	31471090	31471093	3

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	747152	747153	2
Insertion	Chr4	2989518	2989518	1
Insertion	Chr12	12301752	12301752	1
Insertion	Chr12	23132350	23132359	10

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	34943273	35172798	2
Inversion	Chr3	34943279	35172803	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1424436	Chr4	3389001	LOC_Os08g03120
Translocation	Chr9	3882034	Chr6	13458597

Main menu