Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2202-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2202-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Low (Between 25% and 75%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18452643	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g33520
SBS	Chr1	2543283	C-T	HET
SBS	Chr10	14937026	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28650
SBS	Chr10	18187313	A-G	Homo
SBS	Chr10	7481409	T-C	HET
SBS	Chr11	16232775	C-T	HET
SBS	Chr12	1023374	T-C	HET
SBS	Chr12	10646950	G-A	Homo
SBS	Chr12	19390280	C-A	HET
SBS	Chr12	25667408	G-T	HET
SBS	Chr12	6680685	C-T	Homo
SBS	Chr2	33324441	G-A	HET
SBS	Chr2	4897874	A-G	HET
SBS	Chr2	6838278	G-A	HET
SBS	Chr2	8493450	T-C	HET
SBS	Chr3	13462583	C-T	HET
SBS	Chr3	24047506	C-T	HET
SBS	Chr4	18280807	A-G	HET
SBS	Chr4	9995531	A-G	HET
SBS	Chr5	14801770	C-T	Homo
SBS	Chr5	22507283	T-C	HET
SBS	Chr5	2402320	G-A	HET
SBS	Chr5	26337621	G-A	HET
SBS	Chr6	2282058	C-A	HET
SBS	Chr6	29190856	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48270
SBS	Chr6	4765127	C-T	HET
SBS	Chr7	20411623	G-T	HET
SBS	Chr7	5988897	T-C	HET
SBS	Chr8	14659846	A-G	HET
SBS	Chr8	15341343	G-A	HET
SBS	Chr8	22499854	C-T	HET
SBS	Chr8	512821	A-G	HET
SBS	Chr8	7333300	G-T	HET
SBS	Chr8	9171692	C-T	HET
SBS	Chr9	15727635	G-A	HET
SBS	Chr9	1667707	C-T	HET
SBS	Chr9	20842683	G-T	HET
SBS	Chr9	8362256	G-A	Homo

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr8	430819	430829	10
Deletion	Chr8	3644001	3653000	8999
Deletion	Chr1	3893161	3893172	11
Deletion	Chr10	10635398	10635399	1
Deletion	Chr4	12527674	12527675	1
Deletion	Chr3	12759629	12759656	27
Deletion	Chr2	25365968	25365970	2

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	27070343	27070344	2
Insertion	Chr11	22104942	22104946	5
Insertion	Chr2	13426659	13426659	1
Insertion	Chr3	15789344	15789345	2
Insertion	Chr4	17258509	17258510	2
Insertion	Chr4	26597673	26597673	1
Insertion	Chr5	2697098	2697099	2
Insertion	Chr6	29254786	29254787	2
Insertion	Chr7	24552898	24552898	1

No Inversion

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	5336375	Chr3	13987599	2
Translocation	Chr8	9712766	Chr3	16768797
Translocation	Chr6	13673833	Chr4	16289938
Translocation	Chr3	14555836	Chr1	38916061	LOC_Os03g25480
Translocation	Chr3	14562231	Chr1	38916055
Translocation	Chr6	23516057	Chr1	19483726	2

Main menu