Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2210-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2210-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000430 (Germination Rate) = Low (Between 25% and 75%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1098373	G-A	HET
SBS	Chr1	26135687	T-G	Homo
SBS	Chr1	28099180	G-A	HET
SBS	Chr1	36015481	C-T	HET
SBS	Chr1	40352117	C-T	HET
SBS	Chr10	18923727	C-A	HET
SBS	Chr10	22340703	T-G	HET
SBS	Chr10	3971031	G-A	Homo
SBS	Chr11	23250493	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g39050
SBS	Chr11	28727270	C-T	HET
SBS	Chr11	3161402	G-T	Homo
SBS	Chr11	3161404	C-T	Homo
SBS	Chr12	21949655	T-G	HET
SBS	Chr12	23549495	C-G	HET
SBS	Chr2	10178197	A-T	HET
SBS	Chr2	1241307	G-T	HET
SBS	Chr2	1241309	C-T	HET
SBS	Chr2	16505953	T-C	HET
SBS	Chr2	18928353	C-T	HET
SBS	Chr2	23269391	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g38480
SBS	Chr2	27914905	T-C	Homo
SBS	Chr2	8927355	T-C	HET
SBS	Chr3	10514901	C-T	HET
SBS	Chr3	11286980	T-C	HET
SBS	Chr3	33867298	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g59500
SBS	Chr4	21584761	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g35470
SBS	Chr4	21945439	C-T	HET
SBS	Chr4	32004390	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g53700
SBS	Chr4	34379415	T-C	HET
SBS	Chr4	5911433	A-G	HET
SBS	Chr5	22478891	G-A	HET
SBS	Chr5	22478892	G-A	HET
SBS	Chr5	27273874	G-A	HET
SBS	Chr6	3574393	G-A	HET
SBS	Chr6	7379729	G-A	HET
SBS	Chr7	22724013	G-A	HET
SBS	Chr7	23406224	A-T	HET
SBS	Chr7	25427712	G-A	HET
SBS	Chr8	10996057	T-A	HET
SBS	Chr8	13257597	A-G	HET
SBS	Chr8	16344861	G-A	HET
SBS	Chr8	18837523	G-A	HET
SBS	Chr8	27122837	G-T	Homo
SBS	Chr9	8910192	A-T	HET
SBS	Chr9	9088754	T-C	HET

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1067227	1067236	9
Deletion	Chr5	5186492	5186513	21
Deletion	Chr4	11722031	11722371	340
Deletion	Chr12	13726014	13726015	1	LOC_Os12g24120
Deletion	Chr8	26704437	26704439	2
Deletion	Chr11	28939001	28966000	26999	8
Deletion	Chr1	33964439	33964441	2

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	15319147	15319156	10
Insertion	Chr4	2631922	2631922	1
Insertion	Chr6	5968336	5968336	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	7976106	8863097
Inversion	Chr12	7976146	8863131

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	7544467	Chr7	15462258
Translocation	Chr5	7917874	Chr3	8412207	2
Translocation	Chr12	13371990	Chr10	16479593	LOC_Os12g23590
Translocation	Chr3	16446999	Chr2	25541522
Translocation	Chr12	16650779	Chr5	9483435	2
Translocation	Chr8	18966831	Chr2	11086053	2
Translocation	Chr8	18966864	Chr2	11085689	2
Translocation	Chr11	19695987	Chr7	8780653	LOC_Os11g33300
Translocation	Chr9	19842090	Chr1	3432732	2
Translocation	Chr12	25512633	Chr2	12605091	LOC_Os12g41170
Translocation	Chr12	27344056	Chr11	28939296	2
Translocation	Chr11	28369006	Chr8	2141307	LOC_Os11g47150

Main menu