Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17071998	T-A	HET
SBS	Chr1	17627699	G-C	HET
SBS	Chr1	24267255	G-A	HET
SBS	Chr1	28867729	G-A	HET
SBS	Chr1	35817899	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g61890
SBS	Chr10	15845599	T-G	HET
SBS	Chr10	1917827	A-G	HET
SBS	Chr11	18668756	T-A	HET
SBS	Chr11	26648068	A-G	HET
SBS	Chr12	10095847	A-G	HET
SBS	Chr12	14279009	G-A	HET
SBS	Chr12	14925114	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25734
SBS	Chr12	15372897	C-T	HET
SBS	Chr2	4724670	G-T	HET
SBS	Chr2	4724689	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09200
SBS	Chr3	16772448	A-T	HET
SBS	Chr3	19398882	T-C	HET
SBS	Chr3	23123639	G-A	Homo
SBS	Chr3	27413805	A-T	Homo	STOP_LOST	LOC_Os03g48180
SBS	Chr3	27413806	C-T	Homo
SBS	Chr3	28043010	G-A	Homo
SBS	Chr3	33025283	G-C	Homo
SBS	Chr3	36307563	G-A	HET
SBS	Chr4	18925985	A-T	HET
SBS	Chr4	21226311	A-C	HET
SBS	Chr4	21995153	C-A	HET
SBS	Chr4	2851889	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g05610
SBS	Chr4	4211798	G-A	HET
SBS	Chr5	3462688	C-T	HET
SBS	Chr5	8850798	T-A	Homo
SBS	Chr6	27795046	T-C	Homo
SBS	Chr6	4171163	A-G	HET
SBS	Chr7	11942961	G-A	HET
SBS	Chr8	12324413	C-T	Homo
SBS	Chr8	21271294	A-G	HET
SBS	Chr8	8046584	A-T	HET
SBS	Chr9	14982656	A-C	HET
SBS	Chr9	15412551	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g25650
SBS	Chr9	15669931	C-T	HET
SBS	Chr9	15669932	C-T	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	253059	253062	3
Deletion	Chr9	4337283	4337295	12
Deletion	Chr5	4726749	4726750	1
Deletion	Chr1	5502313	5502315	2
Deletion	Chr11	6187588	6187598	10
Deletion	Chr8	6405349	6405351	2
Deletion	Chr12	7131001	7167000	35999	5
Deletion	Chr2	7555937	7555938	1
Deletion	Chr11	8205422	8205426	4	LOC_Os11g14580
Deletion	Chr11	8687148	8687158	10
Deletion	Chr10	9032001	9732000	699999	112
Deletion	Chr7	9033061	9033065	4
Deletion	Chr1	11567482	11567483	1
Deletion	Chr8	11836200	11836201	1
Deletion	Chr2	13367820	13367838	18
Deletion	Chr2	13434314	13434315	1
Deletion	Chr7	15308391	15308393	2
Deletion	Chr6	19745375	19745376	1
Deletion	Chr10	20414342	20414344	2
Deletion	Chr8	23136812	23136813	1
Deletion	Chr5	23981339	23981343	4
Deletion	Chr4	26418614	26418615	1
Deletion	Chr2	28251113	28251131	18
Deletion	Chr3	36075037	36075064	27	LOC_Os03g63860

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	15284063	15284064	2
Insertion	Chr1	3773308	3773311	4
Insertion	Chr9	3361432	3361438	7

No Inversion

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	12080600	Chr3	13772551
Translocation	Chr4	12080603	Chr3	13772404
Translocation	Chr9	15172325	Chr7	6719629
Translocation	Chr9	15669642	Chr7	6717273
Translocation	Chr11	17544127	Chr3	3280518
Translocation	Chr8	19809093	Chr7	13487004
Translocation	Chr3	22052176	Chr2	7712832	2
Translocation	Chr3	22062292	Chr2	7712823	2

Main menu