Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2260-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2260-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	26049036	T-A	HET
SBS	Chr1	31449024	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g54660
SBS	Chr1	31467431	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g54690
SBS	Chr1	36511307	G-A	HET
SBS	Chr1	9408457	C-T	Homo
SBS	Chr10	11195667	A-G	HET
SBS	Chr10	11342721	C-T	Homo
SBS	Chr10	3900500	A-G	HET
SBS	Chr11	13724844	T-C	HET
SBS	Chr11	18629334	C-T	HET
SBS	Chr11	20176678	A-T	HET
SBS	Chr11	2398257	T-A	HET
SBS	Chr11	8386395	G-T	HET
SBS	Chr11	8422277	C-A	HET
SBS	Chr11	8869768	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15630
SBS	Chr11	9071573	C-G	HET
SBS	Chr12	11405657	C-T	HET
SBS	Chr12	21690835	T-A	HET
SBS	Chr12	26277750	C-T	HET
SBS	Chr12	3947667	C-G	HET
SBS	Chr12	5401895	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g10230
SBS	Chr12	7372084	C-T	HET
SBS	Chr2	11228268	T-C	HET
SBS	Chr2	27758451	G-A	HET
SBS	Chr2	5296900	C-T	HET
SBS	Chr3	12728966	G-A	HET
SBS	Chr3	16755893	C-T	Homo
SBS	Chr3	23487007	G-A	HET
SBS	Chr3	5490724	A-G	HET
SBS	Chr3	8075410	C-T	HET
SBS	Chr4	17155976	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g28940
SBS	Chr4	25215301	C-G	HET
SBS	Chr4	25891328	C-T	HET
SBS	Chr4	25891329	C-T	HET
SBS	Chr5	1357623	C-T	HET
SBS	Chr5	18856384	T-A	HET
SBS	Chr5	21655986	T-C	HET
SBS	Chr6	15196141	C-A	HET
SBS	Chr6	20156686	G-T	Homo
SBS	Chr6	23798706	C-T	HET
SBS	Chr6	25294049	G-A	HET
SBS	Chr6	7461329	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g13520
SBS	Chr6	7563351	G-A	HET
SBS	Chr7	10868575	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g18340
SBS	Chr7	21475823	T-C	HET
SBS	Chr7	22523945	A-C	HET
SBS	Chr7	227942	C-T	HET
SBS	Chr7	23287578	C-T	Homo
SBS	Chr7	2552500	C-G	HET
SBS	Chr7	9521498	C-A	Homo
SBS	Chr8	12827599	G-A	HET
SBS	Chr8	20312105	C-T	Homo
SBS	Chr8	26313995	T-C	HET
SBS	Chr8	6696487	C-A	Homo
SBS	Chr8	6825370	C-A	HET
SBS	Chr8	6825371	C-A	HET
SBS	Chr8	7275862	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12350
SBS	Chr9	18618317	C-T	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1686206	1686209	3
Deletion	Chr1	3184918	3184932	14	LOC_Os01g06730
Deletion	Chr6	4971883	4971899	16
Deletion	Chr7	6424672	6424687	15
Deletion	Chr6	7911870	7911878	8
Deletion	Chr5	10120001	10190000	69999	9
Deletion	Chr5	10193001	10266000	72999	13
Deletion	Chr5	10269001	10405000	135999	25
Deletion	Chr6	11268941	11268943	2
Deletion	Chr6	14069412	14069415	3
Deletion	Chr8	16821797	16821801	4	LOC_Os08g27590
Deletion	Chr3	17790813	17790814	1
Deletion	Chr9	18225001	18319000	93999	18
Deletion	Chr1	20132441	20132444	3
Deletion	Chr11	20493593	20493599	6
Deletion	Chr6	20998001	21376000	377999	41
Deletion	Chr9	21145055	21145057	2
Deletion	Chr11	23268238	23268239	1
Deletion	Chr4	23764488	23764490	2
Deletion	Chr8	24619740	24619743	3
Deletion	Chr4	25869607	25869611	4
Deletion	Chr6	29708455	29708457	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	12684453	12684474	22
Insertion	Chr2	15545589	15545589	1
Insertion	Chr3	30334314	30334316	3
Insertion	Chr4	9935639	9935639	1
Insertion	Chr6	5543356	5543358	3

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	33033902	33192681	2
Inversion	Chr2	33033904	33192688	2

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	18351025	Chr4	29013509	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare