Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21204751	T-C	HET
SBS	Chr1	40148264	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g69080
SBS	Chr1	40148660	T-A	HET
SBS	Chr1	9431200	T-C	Homo
SBS	Chr10	12896380	C-T	HET
SBS	Chr10	19418877	C-T	HET
SBS	Chr10	21860273	T-A	HET
SBS	Chr10	7998828	G-A	HET
SBS	Chr11	14457576	G-T	HET
SBS	Chr11	7428539	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g13540
SBS	Chr12	3295135	T-A	HET
SBS	Chr2	29978106	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g49030
SBS	Chr2	315333	G-C	HET
SBS	Chr2	7117342	G-A	Homo
SBS	Chr3	1623245	A-T	HET
SBS	Chr3	19705327	T-C	Homo
SBS	Chr3	26358561	A-T	Homo
SBS	Chr3	6781105	C-A	HET
SBS	Chr3	9525515	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g17150
SBS	Chr4	2085649	C-G	Homo
SBS	Chr4	23297364	A-T	HET
SBS	Chr4	8903454	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16380
SBS	Chr5	14939115	C-T	HET
SBS	Chr5	19126989	C-T	HET
SBS	Chr5	28762688	A-G	Homo
SBS	Chr5	4248823	G-A	HET
SBS	Chr5	6933730	A-T	HET
SBS	Chr5	8028565	C-T	HET
SBS	Chr6	21683045	A-T	Homo
SBS	Chr6	24953148	C-A	HET
SBS	Chr7	14966039	C-T	HET
SBS	Chr8	16036186	G-T	HET
SBS	Chr8	17550670	C-T	HET
SBS	Chr8	21392562	C-A	HET
SBS	Chr8	6633947	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11280
SBS	Chr8	8233340	A-G	HET
SBS	Chr8	9176022	T-C	HET
SBS	Chr9	15275474	T-C	HET
SBS	Chr9	18820774	T-A	HET
SBS	Chr9	5439598	G-A	HET
SBS	Chr9	6132816	A-T	HET
SBS	Chr9	6735634	G-C	HET
SBS	Chr9	8717289	T-G	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1785716	1785720	4
Deletion	Chr5	3930840	3930845	5
Deletion	Chr4	7085170	7085185	15	LOC_Os04g12830
Deletion	Chr4	7317870	7317872	2	LOC_Os04g13220
Deletion	Chr11	12955001	13254000	298999	49
Deletion	Chr8	14969694	14969700	6
Deletion	Chr4	18298741	18298759	18	LOC_Os04g30640
Deletion	Chr8	19173473	19173475	2
Deletion	Chr10	19240969	19240982	13
Deletion	Chr5	26243767	26243768	1
Deletion	Chr3	26885577	26885585	8
Deletion	Chr3	28461453	28461454	1	LOC_Os03g49910
Deletion	Chr1	34402673	34402687	14

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	29778509	29778512	4
Insertion	Chr4	24854595	24854596	2
Insertion	Chr5	12758792	12758792	1
Insertion	Chr8	28370803	28370806	4

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	15697533	15697705
Inversion	Chr3	16116354	16826813	2
Inversion	Chr3	16116383	16826837	2
Inversion	Chr1	29718367	29946688	2
Inversion	Chr1	29946697	29969693	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	7649538	Chr5	27086121	2
Translocation	Chr6	7661730	Chr5	27086104	2
Translocation	Chr8	8335318	Chr7	3171880	2
Translocation	Chr12	22800257	Chr8	3875843	LOC_Os12g37180
Translocation	Chr11	26258817	Chr4	6929825	LOC_Os11g43490

Main menu