Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2403 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2403 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 79

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15580472	A-C	HET
SBS	Chr1	17290453	T-A	HET
SBS	Chr1	18144992	G-T	HET
SBS	Chr1	18912901	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g34310
SBS	Chr1	19287164	G-A	HET
SBS	Chr1	19287638	T-C	HET
SBS	Chr1	31743381	C-T	HET
SBS	Chr1	3770791	C-T	HET
SBS	Chr1	5051625	C-A	HET
SBS	Chr10	11483581	G-A	HET
SBS	Chr10	16159474	G-T	HET
SBS	Chr10	16864567	A-T	HET
SBS	Chr10	8361393	G-T	HET
SBS	Chr11	10044983	A-T	HET
SBS	Chr11	21924108	T-C	Homo
SBS	Chr11	7050277	G-A	HET
SBS	Chr11	9951637	C-T	HET
SBS	Chr12	11255291	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19370
SBS	Chr12	12430437	A-T	HET
SBS	Chr12	12433567	G-A	HET
SBS	Chr12	12671010	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22440
SBS	Chr12	15072107	C-T	HET
SBS	Chr12	15943162	T-G	HET
SBS	Chr12	26790647	C-A	HET
SBS	Chr12	3391491	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g06940
SBS	Chr12	4538793	C-T	HET
SBS	Chr12	4669108	C-A	HET
SBS	Chr2	10196783	T-C	HET
SBS	Chr2	12743571	G-A	HET
SBS	Chr2	23302969	C-G	HET
SBS	Chr2	28753567	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g47100
SBS	Chr2	3516935	T-C	HET
SBS	Chr2	4644522	G-T	HET
SBS	Chr3	17796306	C-T	HET
SBS	Chr3	26824858	A-G	HET
SBS	Chr3	33473198	C-T	HET
SBS	Chr4	10057175	G-A	HET
SBS	Chr4	10857348	C-A	HET
SBS	Chr4	11115238	G-A	HET
SBS	Chr4	16266488	C-T	HET
SBS	Chr4	18925893	G-T	HET
SBS	Chr4	18973314	A-T	HET
SBS	Chr4	20648675	G-T	HET
SBS	Chr4	24807979	A-C	HET
SBS	Chr4	27874912	G-A	HET
SBS	Chr4	4053803	G-C	HET
SBS	Chr4	5865487	G-T	HET
SBS	Chr4	7416145	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13340
SBS	Chr5	11571564	C-G	HET
SBS	Chr5	11907260	C-T	HET
SBS	Chr5	17716771	C-A	HET
SBS	Chr5	23402724	C-T	HET
SBS	Chr5	28963008	G-A	HET
SBS	Chr5	3712833	C-G	HET
SBS	Chr5	8732598	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g15450
SBS	Chr6	14088922	T-A	HET
SBS	Chr6	14088923	C-A	HET
SBS	Chr6	27430596	T-A	HET
SBS	Chr6	600827	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g02054
SBS	Chr6	9013326	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15870
SBS	Chr7	16443048	A-G	HET
SBS	Chr7	17369052	A-T	HET
SBS	Chr7	2078346	G-T	HET
SBS	Chr7	21340984	T-C	HET
SBS	Chr7	2360028	G-A	HET
SBS	Chr7	23617301	C-T	HET
SBS	Chr7	24556081	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g41050
SBS	Chr7	29194649	T-A	HET
SBS	Chr8	13083508	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21860
SBS	Chr8	17700163	C-A	Homo
SBS	Chr8	20541275	G-A	HET
SBS	Chr8	6572059	G-A	HET
SBS	Chr8	7681223	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12920
SBS	Chr8	899465	T-A	Homo
SBS	Chr9	11101152	T-A	HET
SBS	Chr9	12857333	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g21320
SBS	Chr9	16429170	A-T	HET
SBS	Chr9	21072838	C-A	HET
SBS	Chr9	21072839	G-T	HET

Deletions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	6319795	6319799	4	LOC_Os10g11400
Deletion	Chr6	11818157	11818159	2
Deletion	Chr11	26698376	26698469	93
Deletion	Chr2	33079001	33118000	38999	6

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	25296082	25296083	2
Insertion	Chr12	8978787	8978799	13
Insertion	Chr3	18317751	18317752	2
Insertion	Chr7	27604320	27604322	3	LOC_Os07g46260

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	11209115	11706757
Inversion	Chr7	21177907	21442628	2
Inversion	Chr7	21177911	21442627	2
Inversion	Chr3	26401860	26917627	2
Inversion	Chr3	26401862	26917627	2

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	6421367	Chr4	4049398
Translocation	Chr6	9792077	Chr5	5048128	2
Translocation	Chr4	13480180	Chr2	35133159	2
Translocation	Chr4	13480182	Chr2	35133153	2
Translocation	Chr8	13733197	Chr5	20095876
Translocation	Chr8	13737081	Chr5	20095885	LOC_Os08g22840
Translocation	Chr8	18930657	Chr1	3645065
Translocation	Chr8	23153088	Chr6	3434471
Translocation	Chr12	27094177	Chr4	9895922	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare