Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2411 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2411 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 65

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	5606740	G-A	HET
SBS	Chr1	14956024	T-C	HET
SBS	Chr1	25285964	G-A	HET
SBS	Chr1	32003946	C-T	HET
SBS	Chr1	34834641	T-C	HET
SBS	Chr1	36652410	G-T	HET
SBS	Chr2	2675386	C-G	HET
SBS	Chr2	6489954	A-G	HET
SBS	Chr2	10050107	C-T	HET
SBS	Chr2	12711457	C-T	Homo
SBS	Chr2	21554453	T-A	Homo
SBS	Chr2	26816653	G-A	HET
SBS	Chr3	2087012	T-C	HET
SBS	Chr3	9533521	G-A	HET
SBS	Chr3	9731374	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g17510
SBS	Chr3	31307985	G-A	HET
SBS	Chr3	36010891	A-G	HET
SBS	Chr4	3706242	C-G	HET
SBS	Chr4	6794737	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12310
SBS	Chr4	9762905	T-C	HET
SBS	Chr4	14846897	C-T	HET
SBS	Chr4	23564109	A-T	Homo
SBS	Chr4	26873482	C-T	Homo
SBS	Chr4	33574749	A-G	Homo
SBS	Chr4	34847283	G-A	HET
SBS	Chr5	1030528	C-T	HET
SBS	Chr5	5154448	C-A	Homo
SBS	Chr6	692328	C-T	HET
SBS	Chr6	8090184	G-T	HET
SBS	Chr6	12619528	C-T	Homo
SBS	Chr6	17925805	A-T	Homo
SBS	Chr6	20222800	C-T	HET
SBS	Chr6	25072192	A-G	HET
SBS	Chr7	2350042	T-C	Homo
SBS	Chr7	14276574	C-T	HET
SBS	Chr7	27308020	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45740
SBS	Chr8	3891993	C-T	HET
SBS	Chr8	4718232	C-T	HET
SBS	Chr8	6546538	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11130
SBS	Chr8	9601011	G-A	Homo
SBS	Chr8	11002016	G-A	Homo
SBS	Chr8	11937875	G-A	HET
SBS	Chr8	12304288	A-T	HET
SBS	Chr8	16351591	A-T	HET
SBS	Chr8	17462139	C-T	HET
SBS	Chr9	7323076	G-T	Homo
SBS	Chr9	11599509	C-T	HET
SBS	Chr9	15862086	C-T	HET
SBS	Chr9	17215927	G-A	HET
SBS	Chr10	4449157	A-G	Homo
SBS	Chr10	8293284	G-A	HET
SBS	Chr10	11030208	G-T	HET
SBS	Chr10	13072706	C-T	HET
SBS	Chr11	3919606	A-T	HET
SBS	Chr11	10378174	G-A	Homo
SBS	Chr11	16044662	C-G	HET
SBS	Chr11	16696442	C-T	Homo
SBS	Chr11	27606030	A-G	HET
SBS	Chr12	2699832	C-T	HET
SBS	Chr12	3390656	T-C	HET
SBS	Chr12	4661693	G-A	HET
SBS	Chr12	5017858	T-A	HET
SBS	Chr12	12932499	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22900
SBS	Chr12	22022165	G-C	HET
SBS	Chr12	26901771	C-A	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1088293	1088294	1
Deletion	Chr10	2771001	2802000	30999	4
Deletion	Chr2	4476301	4476302	1
Deletion	Chr8	4710555	4710556	1
Deletion	Chr11	7662155	7662157	2
Deletion	Chr7	8155001	8183000	27999	4
Deletion	Chr4	13586372	13586390	18
Deletion	Chr6	15145253	15145274	21
Deletion	Chr9	15710872	15710877	5
Deletion	Chr9	16098466	16098467	1
Deletion	Chr8	16862583	16862589	6	LOC_Os08g27660
Deletion	Chr7	17624359	17624372	13
Deletion	Chr3	20328390	20328405	15
Deletion	Chr8	21141772	21141786	14
Deletion	Chr5	21158093	21158102	9
Deletion	Chr3	21886001	21924000	37999	5
Deletion	Chr12	22167302	22167319	17
Deletion	Chr2	22742957	22742971	14	LOC_Os02g37690
Deletion	Chr9	22820784	22820788	4
Deletion	Chr1	23063993	23063996	3
Deletion	Chr4	25521534	25521539	5
Deletion	Chr6	30049581	30049582	1
Deletion	Chr6	30176295	30176325	30
Deletion	Chr3	33286277	33286280	3

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	35595431	35595432	2	LOC_Os03g62910

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	16850876	16900505

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	8157552	Chr3	21879845
Translocation	Chr7	8182768	Chr3	21882153	2
Translocation	Chr5	12424813	Chr1	733529	2
Translocation	Chr5	12427303	Chr1	733526	2
Translocation	Chr10	17125758	Chr1	41858990

Main menu

You are here

Search Results