Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2412 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2412 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 58

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19754295	G-A	HET
SBS	Chr1	23003215	G-C	HET
SBS	Chr1	23679422	G-T	HET
SBS	Chr1	24762649	G-A	HET
SBS	Chr1	36547446	C-T	HET
SBS	Chr10	13461896	C-A	HET
SBS	Chr10	15159146	T-C	HET
SBS	Chr10	16688162	A-G	Homo
SBS	Chr10	4340128	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g08018
SBS	Chr11	14653027	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os11g25690
SBS	Chr11	16593829	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g28700
SBS	Chr11	25042746	G-A	HET
SBS	Chr12	14386291	C-A	Homo
SBS	Chr12	14883421	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25680
SBS	Chr12	15810132	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26990
SBS	Chr12	15989418	A-T	Homo
SBS	Chr12	4896610	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09330
SBS	Chr12	5651549	G-A	HET
SBS	Chr2	12400378	T-C	HET
SBS	Chr2	22267407	A-T	Homo
SBS	Chr2	28196743	C-T	Homo
SBS	Chr2	35068149	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g57240
SBS	Chr2	6216164	G-A	HET
SBS	Chr3	10384604	C-T	HET
SBS	Chr3	13917715	A-G	HET
SBS	Chr3	18508502	G-T	HET
SBS	Chr3	20055353	G-T	Homo
SBS	Chr3	25464291	C-T	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os03g45120
SBS	Chr3	26934120	C-T	HET
SBS	Chr3	426375	T-G	HET
SBS	Chr4	10145304	C-A	HET
SBS	Chr4	14577948	G-C	HET
SBS	Chr4	17123845	G-A	HET
SBS	Chr5	13605367	A-T	HET
SBS	Chr5	13605368	A-T	HET
SBS	Chr5	13850590	C-T	HET
SBS	Chr5	14061090	C-T	HET
SBS	Chr5	20671160	C-A	HET
SBS	Chr5	23319220	G-A	HET
SBS	Chr5	23896995	T-G	HET
SBS	Chr5	24752691	G-A	HET
SBS	Chr5	9551436	G-A	HET
SBS	Chr6	10212257	T-C	HET
SBS	Chr6	11031128	A-T	Homo
SBS	Chr6	11497607	T-C	Homo
SBS	Chr6	16129979	C-A	HET
SBS	Chr6	22412206	A-T	HET
SBS	Chr6	2596531	G-A	HET
SBS	Chr6	3595079	T-C	HET
SBS	Chr6	7907989	T-G	HET
SBS	Chr7	26969619	T-C	Homo
SBS	Chr7	3543856	C-A	Homo
SBS	Chr8	19135584	G-A	HET
SBS	Chr8	5550492	T-C	HET
SBS	Chr9	14230785	G-A	HET
SBS	Chr9	3222801	A-G	HET
SBS	Chr9	6412666	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11490
SBS	Chr9	8291974	A-T	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	3337621	3337627	6
Deletion	Chr12	5274832	5274837	5
Deletion	Chr10	10544001	10608000	63999	16
Deletion	Chr8	11800580	11800582	2
Deletion	Chr3	12694001	12708000	13999	LOC_Os03g22160
Deletion	Chr9	15663691	15663693	2
Deletion	Chr8	17058106	17058156	50
Deletion	Chr6	19886304	19886308	4	LOC_Os06g34140
Deletion	Chr5	20080234	20080236	2
Deletion	Chr3	20402302	20402303	1
Deletion	Chr4	23660001	23675000	14999	4
Deletion	Chr4	23684001	23726000	41999	8
Deletion	Chr12	24394714	24394718	4
Deletion	Chr4	28682998	28682999	1
Deletion	Chr6	30975185	30975200	15
Deletion	Chr4	34712012	34712023	11

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	3386611	3386612	2
Insertion	Chr11	18215515	18215515	1
Insertion	Chr5	10007414	10007414	1

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	10782911	10783808
Inversion	Chr12	15810552	16085304	LOC_Os12g26990
Inversion	Chr12	24899750	25423356
Inversion	Chr12	24899756	25423361
Inversion	Chr7	25633734	26209881	LOC_Os07g42790
Inversion	Chr2	33692648	33716503	2
Inversion	Chr2	33692734	33716510	2

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	10668730	Chr6	18881069	2
Translocation	Chr8	10778209	Chr7	25633744	2
Translocation	Chr8	10782915	Chr7	26210343
Translocation	Chr5	25821980	Chr2	33436575	2
Translocation	Chr5	25834120	Chr2	33437748	2
Translocation	Chr7	26209883	Chr4	2784322
Translocation	Chr7	26210333	Chr4	2784320
Translocation	Chr11	28627092	Chr10	752826
Translocation	Chr4	33111949	Chr2	8784357	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare