Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14983816	G-C	HET
SBS	Chr1	29700875	G-A	HET
SBS	Chr1	33637558	G-C	HET
SBS	Chr10	18237894	G-C	HET
SBS	Chr10	19418877	C-T	HET
SBS	Chr10	22368343	C-T	HET
SBS	Chr10	4519166	C-T	HET
SBS	Chr11	14234991	G-A	Homo
SBS	Chr12	21961534	G-C	HET
SBS	Chr12	25184756	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40680
SBS	Chr12	9098947	C-T	HET
SBS	Chr12	9389047	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g16400
SBS	Chr2	24730644	T-G	HET
SBS	Chr3	1308732	A-T	HET
SBS	Chr3	17886591	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g31400
SBS	Chr3	23497964	T-C	HET
SBS	Chr3	6356029	T-C	Homo
SBS	Chr4	18824325	T-C	HET
SBS	Chr4	24930135	G-A	HET
SBS	Chr4	27150966	C-A	HET
SBS	Chr4	28436267	T-C	HET
SBS	Chr4	31841904	C-A	HET
SBS	Chr5	12778209	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g22500
SBS	Chr5	18970934	C-T	HET
SBS	Chr5	28426167	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g49560
SBS	Chr5	6673605	T-G	Homo
SBS	Chr5	7811911	C-T	HET
SBS	Chr6	188493	C-T	HET
SBS	Chr6	192163	G-A	HET
SBS	Chr6	29880385	G-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os06g49310
SBS	Chr6	9297445	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g16310
SBS	Chr7	12285784	C-T	HET
SBS	Chr7	16635427	C-T	HET
SBS	Chr7	6421809	C-A	HET
SBS	Chr9	12386018	G-A	HET
SBS	Chr9	12945504	C-A	HET
SBS	Chr9	13260115	C-T	HET
SBS	Chr9	16022439	C-T	HET
SBS	Chr9	2910928	T-A	HET
SBS	Chr9	519234	A-T	HET
SBS	Chr9	6735634	G-C	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	191763	191765	2
Deletion	Chr4	766031	766037	6	LOC_Os04g02230
Deletion	Chr8	3871198	3871202	4
Deletion	Chr6	4047855	4047857	2
Deletion	Chr7	6872640	6872644	4
Deletion	Chr10	7714470	7714477	7
Deletion	Chr3	9011589	9011590	1
Deletion	Chr9	9789988	9790008	20
Deletion	Chr6	10071236	10071237	1
Deletion	Chr4	10412770	10412785	15
Deletion	Chr3	15944993	15945000	7
Deletion	Chr11	16256902	16256911	9
Deletion	Chr11	18642018	18642024	6
Deletion	Chr5	19466185	19466189	4
Deletion	Chr8	22255753	22255779	26
Deletion	Chr1	22703238	22703239	1	LOC_Os01g40230
Deletion	Chr10	22895940	22895941	1
Deletion	Chr3	23878924	23878927	3
Deletion	Chr3	28466294	28466296	2
Deletion	Chr5	29524778	29524779	1	LOC_Os05g51490

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	16568917	16568918	2
Insertion	Chr4	14740844	14740845	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	18774477	19749580	LOC_Os07g31620
Inversion	Chr7	19749552	19750124

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr11	9355078	Chr8	9822301
Translocation	Chr8	10828772	Chr4	21079413
Translocation	Chr9	15571793	Chr1	1103140

Main menu