Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2440 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2440 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11636794	G-C	HET
SBS	Chr1	11764392	C-A	HET
SBS	Chr1	29188520	C-T	HET
SBS	Chr1	36578099	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g63120
SBS	Chr1	39153960	A-T	HET
SBS	Chr1	6016343	G-T	HET
SBS	Chr1	7995128	C-T	HET
SBS	Chr10	12473061	T-C	HET
SBS	Chr10	14813865	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28470
SBS	Chr10	16588864	T-C	Homo
SBS	Chr10	18809866	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g35210
SBS	Chr10	20588353	C-T	HET
SBS	Chr11	15241299	A-G	HET
SBS	Chr11	23000730	A-C	Homo
SBS	Chr11	24877559	T-C	Homo
SBS	Chr11	26479678	T-A	Homo
SBS	Chr11	28681436	A-G	HET
SBS	Chr11	4690594	G-T	HET
SBS	Chr11	8374860	A-G	HET
SBS	Chr2	16834154	T-C	HET
SBS	Chr2	31485965	T-C	HET
SBS	Chr2	31559558	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g51530
SBS	Chr2	3214623	T-C	HET
SBS	Chr2	34396684	C-A	HET
SBS	Chr3	10384718	A-C	HET
SBS	Chr3	11651335	C-T	Homo
SBS	Chr3	15162015	T-A	Homo
SBS	Chr3	23780685	G-A	HET
SBS	Chr3	3202182	T-A	HET
SBS	Chr4	10108036	C-T	HET
SBS	Chr4	19829288	G-A	HET
SBS	Chr4	22612168	A-C	HET
SBS	Chr4	23281883	G-A	HET
SBS	Chr4	8637078	G-A	HET
SBS	Chr5	10594627	T-G	HET
SBS	Chr5	15301639	G-A	HET
SBS	Chr5	1914928	A-G	HET
SBS	Chr5	21725010	C-T	HET
SBS	Chr5	237660	G-T	HET
SBS	Chr5	26775023	A-T	HET
SBS	Chr5	6508760	G-A	HET
SBS	Chr5	9026728	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g15990
SBS	Chr5	9285883	C-A	Homo
SBS	Chr6	11232197	G-T	HET
SBS	Chr6	13885815	G-A	HET
SBS	Chr6	30943596	T-A	HET
SBS	Chr6	31060911	C-T	HET
SBS	Chr6	4473539	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g08890
SBS	Chr6	8136425	G-A	HET
SBS	Chr7	10473080	T-G	HET
SBS	Chr7	3187676	C-T	Homo
SBS	Chr7	8472906	T-G	Homo
SBS	Chr8	11068783	C-T	Homo
SBS	Chr8	27655991	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g43810
SBS	Chr8	5394581	C-T	Homo
SBS	Chr9	16451398	C-T	HET
SBS	Chr9	4261660	C-A	HET

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	5084934	5084946	12
Deletion	Chr2	5274764	5274770	6
Deletion	Chr4	7501459	7501472	13
Deletion	Chr2	10756220	10756221	1
Deletion	Chr12	12150956	12150964	8	LOC_Os12g21624
Deletion	Chr7	12793001	12808000	14999	LOC_Os07g22710
Deletion	Chr7	12811227	12811228	1
Deletion	Chr1	14031736	14031753	17
Deletion	Chr9	14322247	14322252	5
Deletion	Chr2	15443029	15443033	4
Deletion	Chr11	15969001	16175000	205999	37
Deletion	Chr11	16181001	16207000	25999	3
Deletion	Chr10	17124403	17124412	9	LOC_Os10g32710
Deletion	Chr9	21313569	21313572	3	LOC_Os09g36940
Deletion	Chr10	21722210	21722212	2	LOC_Os10g40559
Deletion	Chr2	21995626	21995627	1	LOC_Os02g36414
Deletion	Chr3	23269001	23306000	36999	5
Deletion	Chr11	24808462	24808463	1
Deletion	Chr5	25624708	25624711	3
Deletion	Chr8	27656283	27656284	1	LOC_Os08g43810
Deletion	Chr4	28169102	28169103	1
Deletion	Chr4	31876511	31876512	1
Deletion	Chr3	34261916	34261922	6	LOC_Os03g60240

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	16644708	16644709	2
Insertion	Chr2	10562281	10562281	1
Insertion	Chr3	31127909	31127915	7
Insertion	Chr3	35535143	35535148	6
Insertion	Chr4	29212795	29212796	2
Insertion	Chr6	27766787	27766788	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	14921582	15910410	LOC_Os05g25660
Inversion	Chr5	15902290	15903203
Inversion	Chr5	15903205	16215708
Inversion	Chr7	20337208	20502930	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	5800924	Chr3	24163935	LOC_Os07g10680
Translocation	Chr7	5800927	Chr3	24165770	LOC_Os07g10680
Translocation	Chr5	15586230	Chr1	39146568	LOC_Os05g26850
Translocation	Chr6	15911333	Chr5	4678636	LOC_Os06g28040
Translocation	Chr11	17285418	Chr5	14921559	2
Translocation	Chr11	17285440	Chr5	14920630

Main menu

You are here

Search Nipponbare